1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...ttctaaagggctttttttccagaataatatgaagatttcaaatgatttaattagattacctgtggagtttgaacatacttttctttggttccttttgtagGTCACCCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAATGTAGCTGCAGGTATTGCTGGAGGCACTGGTGTCATGCCTGGAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G006672_T02 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACAACTGTTGTATGCAGCTTGTTGCAAAGCCTGAACAATTTGATGTTATG GTCACCCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAATGTAGCTGCAGGTATTEST: gi|113829317|gb|DW952549.1|DW952549
genomic: ACAACTGTTGTATGCAGCTTGTTGCAAAGCCTGAACAATTTGATGTTATGgtacgtatat ... ccttttgtagGTCACCCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAATGTAGCTGCAGGTATT
EST: ACAACTGTTGTATGCAGCTTGTTGCAAAGCCTGAACAATTTGATGTTATG GTCACCCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAAEST: gi|91052495|gb|EB162913.1|EB162913
genomic: ACAACTGTTGTATGCAGCTTGTTGCAAAGCCTGAACAATTTGATGTTATGgtacgtatat ... ccttttgtagGTCACCCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAA
EST: ACAACTGTTGTATGCAGCTTGTTGCAAAGCCTGAACAATTTGATGTTATG GTCACCCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAATGTAGCTGCAGGTATTEST: gi|76923155|gb|DV169360.1|DV169360
genomic: ACAACTGTTGTATGCAGCTTGTTGCAAAGCCTGAACAATTTGATGTTATGgtacgtatat ... ccttttgtagGTCACCCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAATGTAGCTGCAGGTATT
EST: ACAACTGTTGTATGCAGCTTGTTGCAAAGCCTGAACAATTTGATGTTATG GTCACCCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAATGTAGCTGCAGGTATTEST: gi|74233555|gb|DT641469.1|DT641469
genomic: ACAACTGTTGTATGCAGCTTGTTGCAAAGCCTGAACAATTTGATGTTATGgtacgtatat ... ccttttgtagGTCACCCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAATGTAGCTGCAGGTATT
EST: AACTGTTGTATGCAGCTTGTTTGCAAA-CCTGAACAAATTTGATGTTATG GTCACCCCAAATCTTTATGEST: gi|71763037|gb|DR960974.1|DR960974
genomic: AACTGTTGTATGCAGCTTGTT-GCAAAGCCTGAACAA-TTTGATGTTATGgtacgtatat ... ccttttgtagGTCACCCCAAATCTTTATG
EST: ACAACTGTTGTATGCAGCTTGTTGCAAAGCCTGAACAATTTGATGTTATG GTCACCCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAATGTAGCTGCAGGTATTEST: gi|71446644|gb|DR827694.1|DR827694
genomic: ACAACTGTTGTATGCAGCTTGTTGCAAAGCCTGAACAATTTGATGTTATGgtacgtatat ... ccttttgtagGTCACCCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAATGTAGCTGCAGGTATT
EST: ACAACTGTTGTATGCAGCTTGTTGCAAAGCCTGAACAATTTGATGTTATG GTCACCCCAAATCEST: gi|89755627|gb|DY685981.1|DY685981
genomic: ACAACTGTTGTATGCAGCTTGTTGCAAAGCCTGAACAATTTGATGTTATGgtacgtatat ... ccttttgtagGTCACCCCAAATC
EST: ACAACTGTTGTATGCAGCTTGTTGCAAAGCCTGAACAATTTGATGTTATG GTCACCCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAATGTAGCTGCAGGTATTEST: gi|71433820|gb|DR814870.1|DR814870
genomic: ACAACTGTTGTATGCAGCTTGTTGCAAAGCCTGAACAATTTGATGTTATGgtacgtatat ... ccttttgtagGTCACCCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAATGTAGCTGCAGGTATT
EST: ACAACTGTTGTATGCAGCTTGTTGCAAAGCCTGAACAATTTGATGTTATG GTCACCCCAAATCTTTATGGGCA-TCTGGTGGCTAATGTAGCTGCAGGTATEST: gi|76284647|gb|DV024215.1|DV024215
genomic: ACAACTGTTGTATGCAGCTTGTTGCAAAGCCTGAACAATTTGATGTTATGgtacgtatat ... ccttttgtagGTCACCCCAAATCTTTATGG-CAATCTGGTGGCTAATGTAGCTGCAGGTAT
EST: ACAACTGTTGTATGCAGCTTGTTGCAAAGCCTGAACAATTTGATGTTATG GTCACCCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAATGTAGCTGCAGGTATTEST: gi|71439696|gb|DR820746.1|DR820746
genomic: ACAACTGTTGTATGCAGCTTGTTGCAAAGCCTGAACAATTTGATGTTATGgtacgtatat ... ccttttgtagGTCACCCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAATGTAGCTGCAGGTATT
EST: ACAACTGTTGTATGCAGCTTGTTGCAAAGCCTGAACAATTTGATGTAATG GTCACCCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAATGTAGCTGCAGGTATTEST: gi|71433819|gb|DR814869.1|DR814869
genomic: ACAACTGTTGTATGCAGCTTGTTGCAAAGCCTGAACAATTTGATGTTATGgtacgtatat ... ccttttgtagGTCACCCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAATGTAGCTGCAGGTATT
EST: ACAACTGTTGTATGCAGCTTGTTGCAAAGCCTGAACAATTTGATGTTATG GTCACCCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAATGTAGCTGCAGGTATT
genomic: ACAACTGTTGTATGCAGCTTGTTGCAAAGCCTGAACAATTTGATGTTATGgtacgtatat ... ccttttgtagGTCACCCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAATGTAGCTGCAGGTATT
tttaattagattacctgtggagtttgaacatacttttctttggttccttttgtagGTCACCCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAATGTAGCTGCAGGTATTGCTGGAGGCACTGGTGTCATGCCTGGAG
atttaat putative branch site (score: 180)
tacttttctttggttc putative PPT
ttagatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttctaaagggctttttttccagaataatatgaagatttcaaatgatttaattagattacctgtggagtttgaacatacttttctttggttccttttgtagGTCACCCCAAATCTTTATGGCAATCTGGTGGCTAATGTAGCTGCAGGTATTGCTGGAGGCACTGGTGTCATGCCTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - -cagaataa