1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtatgaatgagccattttttttttcaatcccttttttccgttgttgtcaaagatcaaagtttgctttagcttttgtagctgaataattttatttttattttttttttaaaaacacgaaatataatttttgctaatcactgtaatgtataccatctggaaaccagGCTATTAACATGTACAATGTGAAGAAAGAGAAGAAAAGAAAGAATCGACAGGGGAAGGATTCATCAACTTCAAGCAAGTTGAAACCAAAGAAGCAACTTC
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv15s0048g02730.t01 |
intron # | 7 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGAACAAGCTAATCTCCAAGAATTCCCATGAGATACTCAATGTTGACAAG GCCATTAACATGTACAATGTEST: gi|110409092|gb|EC974748.1|EC974748
genomic: TGAACAAGCTAATCTCCAAGAATTCCCATGAGATACTCAATGTTGACAAGgtatgaatga ... tggaaaccagGCTATTAACATGTACAATGT
EST: TGAACAAGCTAATCTCCAAGAATTCCCATGAGATACTCAATGTTGACAAG GCTATTAACATGTACAATGTGEST: gi|110715690|gb|EE094027.1|EE094027
genomic: TGAACAAGCTAATCTCCAAGAATTCCCATGAGATACTCAATGTTGACAAGgtatgaatga ... tggaaaccagGCTATTAACATGTACAATGTG
EST: TGA-CAAGCTAATCTCCAAGAATTCCCATGAGATACTCAATGTTGACAAG GCTATTAACATGTACAATGTGAAGAAAGAEST: gi|110367133|gb|EC931058.1|EC931058
genomic: TGAACAAGCTAATCTCCAAGAATTCCCATGAGATACTCAATGTTGACAAGgtatgaatga ... tggaaaccagGCTATTAACATGTACAATGTGAAGAAAGA
EST: TGAACAAGCTAATCTCCAAGAATTCCCATGAGATACTCAATGTTGACAAG GCTATTAACATGTACAATGTTGAAG
genomic: TGAACAAGCTAATCTCCAAGAATTCCCATGAGATACTCAATGTTGACAAGgtatgaatga ... tggaaaccagGCTATTAACATGTACAATGT-GAAG
aaacacgaaatataatttttgctaatcactgtaatgtataccatctggaaaccagGCTATTAACATGTACAATGTGAAGAAAGAGAAGAAAAGAAAGAATCGACAGGGGAAGGATTCATCAACTTCAAGCAAGTTGAAACCAAAGAAGCAACTTC
tgctaat putative branch site (score: 2)
aaatataatttttgct TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgaatgagccattttttttttcaatcccttttttccgttgttgtcaaagatcaaagtttgctttagcttttgtagctgaataattttatttttattttttttttaaaaacacgaaatataatttttgctaatcactgtaatgtataccatctggaaaccagGCTATTAACATGTACAATGTGAAGAAAGAGAAGAAAAGAAAGAATCGACAGGGGAAGGATTCATCAACTTCAAGCAAGTTGAAACCAAAGAAGCAACTTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA