Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ggtcaccagaaacacttaagtaactcataatgagttcattttagctagctgccatatggagtttcttgctgatgataatgaatgattcacggtattgcagGTCTCTTGTTTACCTACCTAGGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAACCTGCACTCCTCTATCTTGTTCCATGTACTCTAG

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0062g01250.t01
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv05s0062g01250.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os11g24540.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
ggtcaccagaaacacttaagtaact-cataatgagttcatttta-gctagctgccatatggagtttcttgctgatgataatgaatgattcacggtattgcagGTCTCTTGTTTACCTACCTAGGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAACCTGCACTCCTCTATCTTGTTCCATGTACTCTAG
| |        |||   | || | |   | |||   | |    | | | |  |  |  | |  | | | | | |||  | |  ||  ||      || | ||| || ||  ||||||| || |   | |  |||||| | ||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||  |||
gattcatgtgtacatgcatgtcattgtgttatggcatgaacacatgtttgtggagaccttggatatgtcg-taatgggattacattttttttttcat-gtagGCCTTTTCCTTACCTATCTTGCGCTCTTCCTGATGGACGGGCATGGTCAACCTGCGCTGCTGTACCTTGTTCCATGTACATTAG

upper sequence: Vv05s0062g01250.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA08G47600.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
---ggtcaccagaaacacttaagtaactcataatgagttcattttagctagctgccatatggagtttcttgctgatgataatgaatgattcacggtattgcagGTCTCTTGTTTACCTACCTAGGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAACCTGCACTCCTCTATCTTGTTCCATGTACTCTAG
   | ||       |    | ||| | | | | |    | || |    |   ||| |||     ||  |   ||  |  |  ||||  ||     | ||  ||| ||| | || || ||  | ||  ||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||
ggtgttccatgttgatttgtgagttatttaaactcg--tgatctggattcaatgctatagttcattcttctatgtcgtgacagaatcttttttc-tgttttagGCCTCGTTTTGACATATATGGGACTATATCTGATGAATGGAAATGGACAACCTGCACTTCTCTACCTTGTTCCATGCACACTAG

upper sequence: Vv05s0062g01250.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA08G47600.2 (Glycine max), 3'ss of exon 11
---ggtcaccagaaacacttaagtaactcataatgagttcattttagctagctgccatatggagtttcttgctgatgataatgaatgattcacggtattgcagGTCTCTTGTTTACCTACCTAGGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAACCTGCACTCCTCTATCTTGTTCCATGTACTCTAG----------------
   | ||       |    | ||| | | | | |    | || |    |   ||| |||     ||  |   ||  |  |  ||||  ||     | ||  ||| ||| | || || ||  | ||  ||||||||||||||||  |||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||                
ggtgttccatgttgatttgtgagttatttaaactcg--tgatctggattcaatgctatagttcattcttctatgtcgtgacagaatcttttttc-tgttttagGCCTCGTTTTGACATATATGGGACTATATCTGATGAATGGAAATGGACAACCTGCACTTCTCTACCTTGTTCCATGCACACTAGGTAACTAGTTTTTTGC

upper sequence: Vv05s0062g01250.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA18G53880.1 (Glycine max), 3'ss of exon 11
---ggtcaccagaaacacttaagtaactcataatgagttcattttag-ctagctgccatatggagtttcttgctgatgataatgaatgattcacggtattgcagGTCTCTTGTTTACCTACCTAGGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAACCTGCACTCCTCTATCTTGTTCCATGTACTCTAG
   |||   |        ||    |  |  | |    | || | | |  |   ||| |||     ||  |   ||  | | |   | |||      | ||  ||| ||| | || || ||  | ||  |||| |||||||| ||  |||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||
acaggtgttccatgttgatttgtcagttatttaaacttgcaatctggattcaatgctataattcattcttctatgtcg-tgacagaggatcttt--ttttttaGGCCTCGTTTTGACATATTTGGGACTATACCTGATGAACGGAAATGGACAACCTGCACTTCTCTACCTTGTTCCATGTACACTAG

upper sequence: Vv05s0062g01250.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA10G44490.1 (Glycine max), 3'ss of exon 12
ggtcaccagaaacacttaagtaac-tcataatgagttcattttagctagctgccatatggagtttcttgctgatgataatgaatgattcacggtattgcagGTCTCTTGTTTACCTACCTAGGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAACCTGCACTCCTCTATCTTGTTCCATGTACTCTAG
                |||||    | ||| |    |  ||  || |||  |   |||    |    || |||            |||  |  | || |||| ||||| || || || || ||  ||||| ||||||| || ||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||
---------------gtaagttgtgtaatactacaatgtttaaaggtagtagtattattctataaggtgttgactgagggaggacattttca-tgtttcagGCCTCTTCTTCACATATCTGGGGCTATATATGATGAACGGTCATGGACAACCTGCACTGCTCTACCTGGTTCCATGTACACTAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110367857|gb|EC931810.1|EC931810
EST:     GGGCATGACAAATGGATATTTCCTTTGGTTGGCAATTGGCTATGGATGTG                         GTCTCTTGTTTACCTACCTAGGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCATGACAAATGGATATTTCCTTTGGTTGGCAATTGGCTATGGATGTGgtaggtattt ... ggtattgcagGTCTCTTGTTTACCTACCTAGGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAAC
EST: gi|30128129|gb|CB913468.1|CB913468
EST:     GGGCATGACAAATGGATATTTCCTTTGGTTGGCAATTGGCTATGGATGTG                         GTCTCTTGTTTACCTACCTAGGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCATGACAAATGGATATTTCCTTTGGTTGGCAATTGGCTATGGATGTGgtaggtattt ... ggtattgcagGTCTCTTGTTTACCTACCTAGGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAAC
EST: gi|30137132|gb|CB922470.1|CB922470
EST:     GGGCATGACAAATGGATATTTCCTTTGGTTGGCAATTGGCTATGGATGTG                         GTCTCTTGTTTACCTACCTAGGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCATGACAAATGGATATTTCCTTTGGTTGGCAATTGGCTATGGATGTGgtaggtattt ... ggtattgcagGTCTCTTGTTTACCTACCTAGGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAAC
EST: gi|110688633|gb|EE067409.1|EE067409
EST:     GGGCATGACAAATGGATATTTCCTTTGGTTGGCAATTGGCTATGGATGTG                         GTCTCTTGTTTACCTACCTAGGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCATGACAAATGGATATTTCCTTTGGTTGGCAATTGGCTATGGATGTGgtaggtattt ... ggtattgcagGTCTCTTGTTTACCTACCTAGGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAAC
EST: gi|110420095|gb|EC986356.1|EC986356
EST:     CTTTGGTTGGCAATTGGCTATGGATGTG                         GTCTCTTGTTTACCTACCTAGGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAAC
genomic: CTTTGGTTGGCAATTGGCTATGGATGTGgtaggtattt ... ggtattgcagGTCTCTTGTTTACCTACCTAGGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAAC
EST: gi|110731688|gb|EE106318.1|EE106318
EST:     GGGCATGACAAATGGATATTTCCTTTGGTTGGCAATTGGCTATGGATGTG                         GTCTCTTGTTTACCTACCTAGGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCATGACAAATGGATATTTCCTTTGGTTGGCAATTGGCTATGGATGTGgtaggtattt ... ggtattgcagGTCTCTTGTTTACCTACCTAGGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAAC
EST: gi|110687402|gb|EE064779.1|EE064779
EST:     GGGCATGACAAATGGATATTTCCTTTGGTTGGCAATTGGCTATGGATGTG                         GTCTCTTGTTTACCTACCTANGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCATGACAAATGGATATTTCCTTTGGTTGGCAATTGGCTATGGATGTGgtaggtattt ... ggtattgcagGTCTCTTGTTTACCTACCTAGGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAAC
EST: gi|110415004|gb|EC980872.1|EC980872
EST:     TGGATATTTCCTTTGGTTGGCAATTGGCTATGGATGTG                         GTCTCTTGTTTACCTACCTAGGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAAC
genomic: TGGATATTTCCTTTGGTTGGCAATTGGCTATGGATGTGgtaggtattt ... ggtattgcagGTCTCTTGTTTACCTACCTAGGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAAC
EST: gi|110395316|gb|EC960974.1|EC960974
EST:     GGGCATGACAAATGGATATTTCCTTTGGTTGGCAATTGGCTATGGATGTG                         GTCTCTTGTTTACCTACCTAGGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCATGACAAATGGATATTTCCTTTGGTTGGCAATTGGCTATGGATGTGgtaggtattt ... ggtattgcagGTCTCTTGTTTACCTACCTAGGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAAC
EST: gi|110697095|gb|EE073781.1|EE073781
EST:     GGGCATGACAAATGGATATTTCCTTTGGTTGGCAATTGGCTATGGATGTG                         GTCTCTTGTTTACCTACCTAGGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAAC
genomic: GGGCATGACAAATGGATATTTCCTTTGGTTGGCAATTGGCTATGGATGTGgtaggtattt ... ggtattgcagGTCTCTTGTTTACCTACCTAGGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tagctgccatatggagtttcttgctgatgataatgaatgattcacggtattgcagGTCTCTTGTTTACCTACCTAGGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAACCTGCACTCCTCTATCTTGTTCCATGTACTCTAG
                     tgctgat  putative branch site (score: 3)
                             ataatgaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ggtcaccagaaacacttaagtaactcataatgagttcattttagctagctgccatatggagtttcttgctgatgataatgaatgattcacggtattgcagGTCTCTTGTTTACCTACCTAGGCTTATATCTGATGAATGGGCATGGTCAACCTGCACTCCTCTATCTTGTTCCATGTACTCTAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTCCTC
-gtcacca
- - - - gaaacac
- - - - - - - - - - -aactcat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gctgcca