1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
CGCAGCAAAAAATCCGGCAGAGGGCGGAGCTGCATTGTGGTCACTTCGTCAGTGTCACCGATTCCAACGGTGTTAGTCGCCGGGGCCGGAGGAAGAACAGgtacttagaggaagttctcaatgttcttgaggagtttcttacactcttgcggaacttctttgtgctctttcctctggtttgagttcttatggaagttctt...
species | Selaginella moellendorffii |
transcript | EFJ23715 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AGTGTCACCGATTCCAACGGTGTTAGTCGCCGGGGCCGGAGGAAGAACAG GAAGGCTAGTTTTTGACAAGTTGAAACAGCGGACACAAGAGTTTTCTGCTC
genomic: AGTGTCACCGATTCCAACGGTGTTAGTCGCCGGGGCCGGAGGAAGAACAGgtacttagag ... ctgttcacagGAAGGCTAGTTTTTGACAAGTTGAAACAGCGGACACAAGAGTTTTCTGCTC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CGCAGCAAAAAATCCGGCAGAGGGCGGAGCTGCATTGTGGTCACTTCGTCAGTGTCACCGATTCCAACGGTGTTAGTCGCCGGGGCCGGAGGAAGAACAGgtacttagaggaagttctcaatgttcttgaggagtttcttacactcttgcggaacttctttgtgctctttcctctggtttgagttcttatggaagttctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agaggaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tttctta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cactctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tctttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttcctct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttcttat