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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtactgatggtacgctttgtttcttgcagctgctaacactgtcaatcacagGTGATGCCCGCGCTCCGAGAGAAGCACAACGAGTTCATGCTCAGGGAGCTGGTCCAACGATGGGACAACCACAAGATAATGGTCCGATGGCTCTCTCGCT

Basic information

species Selaginella moellendorffii
transcript EFJ12300
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|169024336|gb|FE436185.1|FE436185
EST:     GGAGTACATCAATTCCATG                         GTGATGCCCGCGCTCCGAGAGAAGCACAACGAGTTCATGCTCAGGGAGCTG
genomic: GGAGTACATCAATTCCATGgtactgatgg ... tcaatcacagGTGATGCCCGCGCTCCGAGAGAAGCACAACGAGTTCATGCTCAGGGAGCTG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtactgatggtacgctttgtttcttgcagctgctaacactgtcaatcacagGTGATGCCCGCGCTCCGAGAGAAGCACAACGAGTTCATGCTCAGGGAGCTGGTCCAACGATGGGACAACCACAAGATAATGGTCCGATGGCTCTCTCGCT
                                  tgctaac  putative branch site (score: 1)
                       tttgttt  TA-rich tract