Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttaagtcatgcattatctacaatggtatgttattagagtgtgcaagcatgtcctaatttgtatgattgttggcattctcttatgttcgcattcctcccagGTTCTTTTGGAGGCCACAAGCAGCATGTGTGCGTTGGAGACTGGTGGTTCACGTGATCCTTGGAAAGAGTCTTGGACAGGAAAGGCGACGATGAGACAAC

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S9_51V6.2
intron # 9
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37829336|gb|BJ587348.1|BJ587348
EST:     ACTTGAAGCTTCAGCCTTGGGAACGTAATGCAAATGGTAGCCTCGGGAAG                         GTTCTTTTGGAGGCCACAAGCAGCATGTGTGCGTTGGAGACTGGTGGTTCA
genomic: ACTTGAAGCTTCAGCTTTGGGAACGTAATGCAAATGGTAGCCTCGGGAAGgtcagtacat ... ttcctcccagGTTCTTTTGGAGGCCACAAGCAGCATGTGTGCGTTGGAGACTGGTGGTTCA
EST: gi|67724482|gb|BJ974741.1|BJ974741
EST:     ACTTGAAGCTTCAGCTTTGGGAACGTAATGCAAATGGTAGCCTCGGGAAG                         GTTCTTTTGGAGGCCACAAGCAGCATGTGTGCGTTGGAGACTGGTGGTTCA
genomic: ACTTGAAGCTTCAGCTTTGGGAACGTAATGCAAATGGTAGCCTCGGGAAGgtcagtacat ... ttcctcccagGTTCTTTTGGAGGCCACAAGCAGCATGTGTGCGTTGGAGACTGGTGGTTCA
EST: gi|37853415|gb|BJ611423.1|BJ611423
EST:     ACTTGAAGCTTCAGCTTTGGGAACGTAATGCAAATGGTAGCCTCGGGAAG                         GTTCTTTTGGAGGCCACAAGCAGCATGTGTGCGTTGGAGACTGGTGGTTCA
genomic: ACTTGAAGCTTCAGCTTTGGGAACGTAATGCAAATGGTAGCCTCGGGAAGgtcagtacat ... ttcctcccagGTTCTTTTGGAGGCCACAAGCAGCATGTGTGCGTTGGAGACTGGTGGTTCA
EST: gi|37851950|gb|BJ609958.1|BJ609958
EST:     GAAGCTTCAGCTTTGGGAACGTAATGCAAATGGTAGCCTCGGGAAG                         GTTCTTTNGGAGGCCACAAGCAGCATGTGTGCGTTGGAGACTGGTGGTTCA
genomic: GAAGCTTCAGCTTTGGGAACGTAATGCAAATGGTAGCCTCGGGAAGgtcagtacat ... ttcctcccagGTTCTTTTGGAGGCCACAAGCAGCATGTGTGCGTTGGAGACTGGTGGTTCA
EST: gi|22131617|gb|BQ826706.1|BQ826706
EST:     ACTTGAAGCTTCAGCTTTGGGAACGTAATGCAAATGGTAGCCTCGGGAAG                         GTTCTTTTGGAGGCCACAAGCAGCATGTGTGCGTTGGAGACTGGTGGTTCA
genomic: ACTTGAAGCTTCAGCTTTGGGAACGTAATGCAAATGGTAGCCTCGGGAAGgtcagtacat ... ttcctcccagGTTCTTTTGGAGGCCACAAGCAGCATGTGTGCGTTGGAGACTGGTGGTTCA
EST: gi|37838736|gb|BJ596744.1|BJ596744
EST:     ACTTGAAGCTTCAGCTTTGGGAACGTAATGCAAATGGTAGCCTCGGGAAG                         GTTCTTTTGGAGGCCACAAGCAGCATGTGTGCGTTGGAGACTGGTGGTTCA
genomic: ACTTGAAGCTTCAGCTTTGGGAACGTAATGCAAATGGTAGCCTCGGGAAGgtcagtacat ... ttcctcccagGTTCTTTTGGAGGCCACAAGCAGCATGTGTGCGTTGGAGACTGGTGGTTCA
EST: gi|37847826|gb|BJ605834.1|BJ605834
EST:     ACTTGAAGCTTCAGCTTTGGGAACGTAATGCAAATGGTAGCCTCGGGAAG                         GTTCTTTTGGAGGCCACAAGCAGCATGTGTGCGTTGGAGACTGGTGGTTCA
genomic: ACTTGAAGCTTCAGCTTTGGGAACGTAATGCAAATGGTAGCCTCGGGAAGgtcagtacat ... ttcctcccagGTTCTTTTGGAGGCCACAAGCAGCATGTGTGCGTTGGAGACTGGTGGTTCA
EST: gi|208366950|gb|DC951437.1|DC951437
EST:     ACTTGAAGCTTCAGCTTTGGGAACGTAATGCAAATGGTAGCCTCGGGAAG                         GTTCTTTTGGAGGCCACAAGCAGCATGTGTGCGTTGGAGACTGGTGGTTCA
genomic: ACTTGAAGCTTCAGCTTTGGGAACGTAATGCAAATGGTAGCCTCGGGAAGgtcagtacat ... ttcctcccagGTTCTTTTGGAGGCCACAAGCAGCATGTGTGCGTTGGAGACTGGTGGTTCA
EST: gi|37839619|gb|BJ597627.1|BJ597627
EST:     ACTTGAAGCTTCAGCTTTGGGAACGTAATGCAAATGGTAGCCTCGGGAAG                         GTTCTTTTGGAGGCCACAAGCAGCATGTGTGCGTTGGAGACTGGTGGTTCA
genomic: ACTTGAAGCTTCAGCTTTGGGAACGTAATGCAAATGGTAGCCTCGGGAAGgtcagtacat ... ttcctcccagGTTCTTTTGGAGGCCACAAGCAGCATGTGTGCGTTGGAGACTGGTGGTTCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcatgtcctaatttgtatgattgttggcattctcttatgttcgcattcctcccagGTTCTTTTGGAGGCCACAAGCAGCATGTGTGCGTTGGAGACTGGTGGTTCACGTGATCCTTGGAAAGAGTCTTGGACAGGAAAGGCGACGATGAGACAAC
     tcctaat  putative branch site (score: 2)
                                       ttcgcattcctccc  putative PPT
        taatttgtatgatt  TA-rich tract