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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgatcctcttgtgctctgctgcgcttctgattctcgtctcctgcttcagttttggccggtccaacttcgattcgatcttcagcgtttgcttgcaggatgatgtgcaatttcagttcgttaatgcgatctagtgctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTCAAGAATGGACTTAAGGGTGGTGTTCACATTGTCAAGAGAGACCAGGTGG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S9_103V6.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S9_103V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT2G20420.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
gtgatcctcttgtgctctgctgcgcttctgattctcgtctcctgcttcagttttggccggtccaacttcgattcgatcttcagcgtttgcttgcaggatgatgtgcaatttcagttcgttaatgcgatctagtgctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTCAAGAATGGACTTAAGGGTGGTGTTCACATTGTCAAGAGAGACCAGGTGG
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-------------------------------------------------------------gtaaattcagtgagggattcgattctaatctctattattagttgttgtctaattgaaagagtgtcattttcgtgtg-atacagTTGGTTGTTAAGAGCCAGATTTTGGCTGGTGGAAGAGGTCTTGGAACATTCAAGAGTGGTCTTAAGGGTGGTGTTCACATTGTTAAACGTGATGAGGCTG

upper sequence: PP1S9_103V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 2
lower sequence: Vv07s0005g03790.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
gtgatcctcttgtgctctgctgcgcttctgattctcgtctcctgcttcagttttggccggtccaacttcgattcgat-cttcagcgtttgcttgcaggatgatgtgcaatttcagttcgttaatgcgatctagtgctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTCAAGAATGGACTTAAGGGTGGTGTTCACATTGTCAAGAGAGACCAGGTGG
                                |   |  |  |  || |||||| |    |    ||||  |    | | |||||       |   ||   |   |||||   |  |  || ||    ||| ||||       |||||||||| || || ||| | || |||||||| ||||| || || || ||||| | ||| ||||||||||| ||||||||||| ||||  |||||||| |
--------------------------------tgaagattaatatttaagtttttgttcatttcccttctctaaatttcctcagcaaccaaataatgggaaaaaagcaatgctaact--ttgat----tctggtgc-------agTTGGTGGTAAAAAGCCAAATTCTTGCAGGTGGGCGAGGCTTGGGAACATTCAAAAGTGGTCTTAAGGGTGGAGTTCACATTGTTAAGACTGACCAGGTTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208373828|gb|DC936599.1|DC936599
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|100436155|gb|BY979407.1|BY979407
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTCAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|100387442|gb|BY988313.1|BY988313
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|100379638|gb|BY949869.1|BY949869
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|67701623|gb|BJ961856.1|BJ961856
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGG
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGG
EST: gi|100395304|gb|BY953670.1|BY953670
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|67712940|gb|BJ966389.1|BJ966389
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACGGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|100438224|gb|BY961716.1|BY961716
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|208369720|gb|DC932618.1|DC932618
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|208390018|gb|DC938073.1|DC938073
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|18326965|gb|BJ158966.1|BJ158966
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|208376441|gb|DC932309.1|DC932309
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|208354269|gb|DC902483.1|DC902483
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|208386847|gb|DC941565.1|DC941565
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|67704015|gb|BJ964248.1|BJ964248
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGT
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGT
EST: gi|100365282|gb|BY966901.1|BY966901
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|67571747|gb|BJ944571.1|BJ944571
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|100450378|gb|CJ974233.1|CJ974233
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|100379592|gb|BY949846.1|BY949846
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|67704790|gb|BJ965023.1|BJ965023
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|67719429|gb|BJ969688.1|BJ969688
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|208364000|gb|DC939593.1|DC939593
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|208393623|gb|DC904339.1|DC904339
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|100376654|gb|BY949400.1|BY949400
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|100385264|gb|BY950856.1|BY950856
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|100394556|gb|BY989846.1|BY989846
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|100444730|gb|BY982559.1|BY982559
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|18350484|gb|BJ182535.1|BJ182535
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|100369353|gb|BY948059.1|BY948059
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|18362729|gb|BJ194800.1|BJ194800
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGT
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGT
EST: gi|162189404|gb|FC366562.1|FC366562
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|100356151|gb|BY946222.1|BY946222
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|67508667|gb|BJ941528.1|BJ941528
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
EST: gi|100363621|gb|BY966478.1|BY966478
EST:     CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACACAG                         TTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC
genomic: CGTCCGAGATCGCTAAAGTTCTCGAGGAGCAATTTCTAGATGACACAGAGgtgatcctct ... ctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttgcaggatgatgtgcaatttcagttcgttaatgcgatctagtgctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTCAAGAATGGACTTAAGGGTGGTGTTCACATTGTCAAGAGAGACCAGGTGG
                           cgttaat  putative branch site (score: 4)
                 aatttca  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgatcctcttgtgctctgctgcgcttctgattctcgtctcctgcttcagttttggccggtccaacttcgattcgatcttcagcgtttgcttgcaggatgatgtgcaatttcagttcgttaatgcgatctagtgctgcatgcagTTGGTGGTCAAGAGTCAAGTGCTGGCAGGTGGTCGAGGGTTAGGTACTTTCAAGAATGGACTTAAGGGTGGTGTTCACATTGTCAAGAGAGACCAGGTGG

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