Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCACTTACGGGTACTCGTCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGGgtaagctcccttttaggctaaccattcattcatatcatgtgtttttgaaatttcaggtgattgtgtcaacaaccttgtggataccaagaaatatttgcatccattctgataacttttcagcatcatatgactctcatcctttcccaatttcagcatggttttgacccaaactttctggatatgttcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S99_220V6.1
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162163777|gb|FC340337.1|FC340337
EST:     TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGG                         GCNNNNNNNGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
genomic: TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGGgtaagctccc ... atatgttcagGCTTTTTTTGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
EST: gi|162196059|gb|FC372204.1|FC372204
EST:     TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGG                         GCNNNNNNNGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
genomic: TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGGgtaagctccc ... atatgttcagGCTTTTTTTGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
EST: gi|37850455|gb|BJ608463.1|BJ608463
EST:     TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGG                         GCNNNNNNNGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTNTATGCCCT
genomic: TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGGgtaagctccc ... atatgttcagGCTTTTTTTGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
EST: gi|37847724|gb|BJ605732.1|BJ605732
EST:     TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGG                         GCNNNNNNNGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTNTATGCCCT
genomic: TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGGgtaagctccc ... atatgttcagGCTTTTTTTGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
EST: gi|37839128|gb|BJ597136.1|BJ597136
EST:     TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGG                         GCNNNNNNNGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
genomic: TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGGgtaagctccc ... atatgttcagGCTTTTTTTGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
EST: gi|162165452|gb|FC342019.1|FC342019
EST:     TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGG                         GCNNNNNNNGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
genomic: TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGGgtaagctccc ... atatgttcagGCTTTTTTTGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
EST: gi|162239475|gb|FC414040.1|FC414040
EST:     TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGG                         GCNNNNNNNGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
genomic: TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGGgtaagctccc ... atatgttcagGCTTTTTTTGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
EST: gi|162154186|gb|FC330317.1|FC330317
EST:     TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGG                         GCNNNNNNNGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTTTATGCCCT
genomic: TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGGgtaagctccc ... atatgttcagGCTTTTTTTGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
EST: gi|162196058|gb|FC372203.1|FC372203
EST:     TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGG                         GCNNNNNNNGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
genomic: TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGGgtaagctccc ... atatgttcagGCTTTTTTTGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
EST: gi|37845408|gb|BJ603416.1|BJ603416
EST:     TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGG                         GCNNNNNNNGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
genomic: TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGGgtaagctccc ... atatgttcagGCTTTTTTTGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
EST: gi|162154185|gb|FC330316.1|FC330316
EST:     TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGG                         GCNNNNNNNGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTTTATGCCCT
genomic: TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGGgtaagctccc ... atatgttcagGCTTTTTTTGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
EST: gi|162266580|gb|FC442798.1|FC442798
EST:     TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGG                         GCNNNNNNNGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
genomic: TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGGgtaagctccc ... atatgttcagGCTTTTTTTGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
EST: gi|162266579|gb|FC442797.1|FC442797
EST:     TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGG                         GCNNNNNNNGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
genomic: TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGGgtaagctccc ... atatgttcagGCTTTTTTTGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
EST: gi|162158051|gb|FC334452.1|FC334452
EST:     TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGG                         GCNNNNNNNGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
genomic: TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGGgtaagctccc ... atatgttcagGCTTTTTTTGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
EST: gi|162239476|gb|FC414041.1|FC414041
EST:     TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGG                         GCNNNNNNNGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
genomic: TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGGgtaagctccc ... atatgttcagGCTTTTTTTGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
EST: gi|37852138|gb|BJ610146.1|BJ610146
EST:     TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGG                         GCNNNNNNNGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
genomic: TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGGgtaagctccc ... atatgttcagGCTTTTTTTGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
EST: gi|162162417|gb|FC339174.1|FC339174
EST:     TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGG                         GCNNNNNNNGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT
genomic: TCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGGgtaagctccc ... atatgttcagGCTTTTTTTGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 28 (upstream exon), 8 (downstream exon)
Score: 4

TTCACTTACGGGTACTCGTCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGGgtaagctccc ... atatgttcagGCTTTTTTTGCAAATCCTATGCAGTGTCAGCACTTTGCCTCTCTATGCCCTTGTCACTCAG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTCACTTACGGGTACTCGTCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGGgtaagctcccttttaggctaaccattcattcatatcatgtgtttttgaaatttcaggtgattgtgtcaacaaccttgtggataccaagaaatatttgcatccattctgataacttttcagcatcatatgactctcatcctttcccaatttcagcatggttttgacccaaactttctggatatgttcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - -  CATGGA