1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' | 14 5' 3' | 15 5' 3' |
...tgttacaaaaatgaatgggaaatgacgtttgcttagttttcattgcttgggtgaccttgcagagcaatgatacttactcactttggcatctgttgtgcagTTCACTTACGGGTACTCGTCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S99_220V6.1 |
intron # | 12 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AATGCTTTTGAACTGGCCTTCTTCTTCTGGACTATG TTCACTTACGGGTACTCGTCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTEST: gi|162196059|gb|FC372204.1|FC372204
genomic: AATGCTTTTGAACTGGCCTTCTTCTTCTGGACTATGgtgagtatct ... tgttgtgcagTTCACTTACGGGTACTCGTCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTT
EST: AATGCTTTTGAACTGGCCTTCTTCTTCTGGACTATG TTCACTTACGGGTACTCGTCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTEST: gi|37839128|gb|BJ597136.1|BJ597136
genomic: AATGCTTTTGAACTGGCCTTCTTCTTCTGGACTATGgtgagtatct ... tgttgtgcagTTCACTTACGGGTACTCGTCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTT
EST: AATGCTTTTGAACTGGCCTTCTTCTTCTGGACTATG TTCACTTACGGGTACTCGTCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTEST: gi|162154186|gb|FC330317.1|FC330317
genomic: AATGCTTTTGAACTGGCCTTCTTCTTCTGGACTATGgtgagtatct ... tgttgtgcagTTCACTTACGGGTACTCGTCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTT
EST: AATGCTTTTGAACTGGCCTTCTTCTTCTGGACTATG TTCACTTACGGGTACTCGTCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTEST: gi|162154185|gb|FC330316.1|FC330316
genomic: AATGCTTTTGAACTGGCCTTCTTCTTCTGGACTATGgtgagtatct ... tgttgtgcagTTCACTTACGGGTACTCGTCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTT
EST: CTTCTTCTGGACTATG TTCACTTACGGGTACTCGTCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTEST: gi|162266580|gb|FC442798.1|FC442798
genomic: CTTCTTCTGGACTATGgtgagtatct ... tgttgtgcagTTCACTTACGGGTACTCGTCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTT
EST: AATGCTTTTGAACTGGCCTTCTTCTTCTGGACTATG TTCACTTACGGGTACTCGTCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTEST: gi|162239476|gb|FC414041.1|FC414041
genomic: AATGCTTTTGAACTGGCCTTCTTCTTCTGGACTATGgtgagtatct ... tgttgtgcagTTCACTTACGGGTACTCGTCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTT
EST: AATGCTTTTGAACTGGCCTTCTTCTTCTGGACTATG TTCACTTACGGGTACTCGTCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTEST: gi|162162418|gb|FC339175.1|FC339175
genomic: AATGCTTTTGAACTGGCCTTCTTCTTCTGGACTATGgtgagtatct ... tgttgtgcagTTCACTTACGGGTACTCGTCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTT
EST: AATGCTTTTGAACTGGCCTTCTTCTTCTGGACTATG TTCACTTACGGGTACTCGTCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGEST: gi|37852138|gb|BJ610146.1|BJ610146
genomic: AATGCTTTTGAACTGGCCTTCTTCTTCTGGACTATGgtgagtatct ... tgttgtgcagTTCACTTACGGGTACTCGTCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATG
EST: AATGCTTTTGAACTGGCCTTCTTCTTCTGGACTATG TTCACTTACGGGTACTCGTCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTT
genomic: AATGCTTTTGAACTGGCCTTCTTCTTCTGGACTATGgtgagtatct ... tgttgtgcagTTCACTTACGGGTACTCGTCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTT
cttgggtgaccttgcagagcaatgatacttactcactttggcatctgttgtgcagTTCACTTACGGGTACTCGTCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGG
tactcac putative branch site (score: 13)
aatgata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgttacaaaaatgaatgggaaatgacgtttgcttagttttcattgcttgggtgaccttgcagagcaatgatacttactcactttggcatctgttgtgcagTTCACTTACGGGTACTCGTCATGCTTAGTGGGTAAAACATGGATGGTTGTTGTGCGCATTCTTGTTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA