1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
AGGTTTAATGGGAAAAAAGATCCCGCTTCTCACTTGGCTTGCAGCTGTTGCTGCACTGTTTGGAGTTGGACTTCTTGAAACAACTGGTGCACCGCCGTCGgtgcgtccaccccccccttttttttagaagttttctgtcatagatcgagatattaattccatataacaatccgaaattgagagggttaattacacgggagtgttcagattttcatggaaaattattaattaacttgcatgtttgtcacag
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S93_121V6.1 |
intron # | 4 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CTGCACTGTTTGGAGTTGGACTTCTTGAAACAACTGGTGCACCGCCGTCG ATTGGCGACGCTTGGAGCTTATTAAGCGCTGTGGTCTTTGGAATTCACATCEST: gi|37825656|gb|BJ583722.1|BJ583722
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EST: CTGCACTGTTTGGAGTTGGACTTCTTGAAACAACTGGTGCACCGCCGTCG ATTGGCGACGCTTGGAGCTTATTAAGCGCTGTGGTCTTTGGAATTCACATCEST: gi|162229790|gb|FC404048.1|FC404048
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EST: CTGCACTGTTTGGAGTTGGACTTCTTGAAACAACTGGTGCACCGCCGTCG ATTGGCGACGCTTGGAGCTTATTAAGCGCTGTGGTCTTTGGAATTCACATCEST: gi|162166848|gb|FC343025.1|FC343025
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genomic: CTGCACTGTTTGGAGTTGGACTTCTTGAAACAACTGGTGCACCGCCGTCGgtgcgtccac ... tttgtcacagATTGGCGACGCTTGGAGCTTATTAAGCGCTGTGGTCTTTGGAATTCACATC
EST: CTGCACTGTTTGGAGTTGGACTTCTTGAAACAACTGGTGCACCGCCGTCG ATTGGCGACGCTTGGAGCTTATTAAGCGCTGTGGTCTTTGGAATTCACATCEST: gi|37835632|gb|BJ593644.1|BJ593644
genomic: CTGCACTGTTTGGAGTTGGACTTCTTGAAACAACTGGTGCACCGCCGTCGgtgcgtccac ... tttgtcacagATTGGCGACGCTTGGAGCTTATTAAGCGCTGTGGTCTTTGGAATTCACATC
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atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGGTTTAATGGGAAAAAAGATCCCGCTTCTCACTTGGCTTGCAGCTGTTGCTGCACTGTTTGGAGTTGGACTTCTTGAAACAACTGGTGCACCGCCGTCGgtgcgtccaccccccccttttttttagaagttttctgtcatagatcgagatattaattccatataacaatccgaaattgagagggttaattacacgggagtgttcagattttcatggaaaattattaattaacttgcatgtttgtcacag
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