Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atacaagttcatgacagtatgttgagtgaaatgagcagatttctacaattttagtgcttccctgtcctctagcttcactgacttaaatgttttacaacagTTGGATTCCTTGAGACCAAAAGAGAATCTGGTATTGAGGCAAAGATTTGGACTGGACGGCAAGGGACAGCGATCTCTCTCGGAAGTAGGGCTTATCTTGA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S92_33V6.1
intron # 4
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37831549|gb|BJ589561.1|BJ589561
EST:     ATACGCTTGCTGGTGGTACTTCGATGGTTCAATATGGATTAGATGATGTG                         TTGGATTCCTTGAGACCAAAAGAGAATCTGGTATTGAGGCAAAGATTTGGA
genomic: ATACGCTTGCTGGTGGTACTTCGATGGTTCAATATGGATTAGATGATGTGgtaagtgatc ... tttacaacagTTGGATTCCTTGAGACCAAAAGAGAATCTGGTATTGAGGCAAAGATTTGGA
EST: gi|162198431|gb|FC375266.1|FC375266
EST:     ATACGCTTGCTGGTGGTACTTCGATGGTTCAATATGGATTAGATGATGTG                         TTGGATTCCTTGAGACCAANAGAGAATCTGGTATTGAGGCAAAGATTTGGA
genomic: ATACGCTTGCTGGTGGTACTTCGATGGTTCAATATGGATTAGATGATGTGgtaagtgatc ... tttacaacagTTGGATTCCTTGAGACCAAAAGAGAATCTGGTATTGAGGCAAAGATTTGGA
EST: gi|16137660|gb|BI894524.1|BI894524
EST:     ATACGCTTGCTGGTGGTACTTCGATGGTTCAATATGGATTAGATGATGTG                         TTGGATTCCTTGAGACCAAAAGAGAATCTGGTATTGAGGCAAAGATTTGGA
genomic: ATACGCTTGCTGGTGGTACTTCGATGGTTCAATATGGATTAGATGATGTGgtaagtgatc ... tttacaacagTTGGATTCCTTGAGACCAAAAGAGAATCTGGTATTGAGGCAAAGATTTGGA
EST: gi|37852274|gb|BJ610282.1|BJ610282
EST:     ATACGCTTGCTGGTGGTACTTCGATGGTTCAATATGGATTAGATGATGTG                         TTGGATTCCTTGAGACCAAAAGAGAATCTGGTATTGAGGCAAAGATTTGGA
genomic: ATACGCTTGCTGGTGGTACTTCGATGGTTCAATATGGATTAGATGATGTGgtaagtgatc ... tttacaacagTTGGATTCCTTGAGACCAAAAGAGAATCTGGTATTGAGGCAAAGATTTGGA
EST: gi|162198430|gb|FC375265.1|FC375265
EST:     ATACGCTTGCTGGTGGTACTTCGATGGTTCAATATGGATTAGATGATGTG                         TTGGATTCCTTGAGACCAAAAGAGAATCTGGTATTGAGGCAAAGATTTGGA
genomic: ATACGCTTGCTGGTGGTACTTCGATGGTTCAATATGGATTAGATGATGTGgtaagtgatc ... tttacaacagTTGGATTCCTTGAGACCAAAAGAGAATCTGGTATTGAGGCAAAGATTTGGA
EST: gi|162249906|gb|FC427644.1|FC427644
EST:     ATACGCTTGCTGGTGGTACTTCGATGGTTCAATATGGATTAGATGATGTG                         TTGGATTCCTTGAGACCAAAAGAGAATCTGGTATTGAGGCAAAGATTTGGA
genomic: ATACGCTTGCTGGTGGTACTTCGATGGTTCAATATGGATTAGATGATGTGgtaagtgatc ... tttacaacagTTGGATTCCTTGAGACCAAAAGAGAATCTGGTATTGAGGCAAAGATTTGGA
EST: gi|162161849|gb|FC338250.1|FC338250
EST:     ATACGCTTGCTGGTGGTACTTCGATGGTTCAATATGGATTAGATGATGTG                         TTGGATTCCTTGAGACCAAAAGAGAATCTGGTATTGAGGCAAAGATTTGGA
genomic: ATACGCTTGCTGGTGGTACTTCGATGGTTCAATATGGATTAGATGATGTGgtaagtgatc ... tttacaacagTTGGATTCCTTGAGACCAAAAGAGAATCTGGTATTGAGGCAAAGATTTGGA
EST: gi|162233655|gb|FC409414.1|FC409414
EST:     ATACGCTTGCTGGTGGTACTTCGATGGTTCAATATGGATTAGATGATGTG                         TTGGATTCCTTGAGACCAAAAGAGAATCTGGTATTGAGGCAAAGATTTGGA
genomic: ATACGCTTGCTGGTGGTACTTCGATGGTTCAATATGGATTAGATGATGTGgtaagtgatc ... tttacaacagTTGGATTCCTTGAGACCAAAAGAGAATCTGGTATTGAGGCAAAGATTTGGA
EST: gi|162168855|gb|FC345053.1|FC345053
EST:     ATACGCTTGCTGGTGGTACTTCGATGGTTCAATATGGATTAGATGATGTG                         TTGGATTCCTTGAGACCAAAAGAGAATCTGGTATTGAGGCAAAGATTTGGA
genomic: ATACGCTTGCTGGTGGTACTTCGATGGTTCAATATGGATTAGATGATGTGgtaagtgatc ... tttacaacagTTGGATTCCTTGAGACCAAAAGAGAATCTGGTATTGAGGCAAAGATTTGGA
EST: gi|162233656|gb|FC409415.1|FC409415
EST:     ATACGCTTGCTGGTGGTACTTCGATGGTTCAATATGGATTAGATGATGTG                         TTGGATTCCTTGAGACCAAAAGAGAATCTGGTATTGAGGCAAAGATTTGGA
genomic: ATACGCTTGCTGGTGGTACTTCGATGGTTCAATATGGATTAGATGATGTGgtaagtgatc ... tttacaacagTTGGATTCCTTGAGACCAAAAGAGAATCTGGTATTGAGGCAAAGATTTGGA
EST: gi|18335721|gb|BJ167742.1|BJ167742
EST:     ATACGCTTGCTGGTGGTACTTCGATGGTTCAATATGGATTAGATGATGTG                         TTGGATTCCTTGAGACCAAAAGAGAATCTGGTATTGAGGCAAAGATTTGGA
genomic: ATACGCTTGCTGGTGGTACTTCGATGGTTCAATATGGATTAGATGATGTGgtaagtgatc ... tttacaacagTTGGATTCCTTGAGACCAAAAGAGAATCTGGTATTGAGGCAAAGATTTGGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 79

CACTGGTCGAGAAAAAGTGGAAAACCTAGTCAGCGAGGAAGATGCTCTAGATACGCTTGCTGGTGGTACTTCGATGGTTCAATATGGATTAGATGATGTGgtaagtgatc ... tttacaacagTTGGATTCCTTGAGACCAAAAGAGAATCTGGTATTGAGGCAAAGATTTGGACTGGACGGCAAGGGACAGCGATCTCTCTCGGAAGTAGGGCTTATCTTGA




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caattttagtgcttccctgtcctctagcttcactgacttaaatgttttacaacagTTGGATTCCTTGAGACCAAAAGAGAATCTGGTATTGAGGCAAAGATTTGGACTGGACGGCAAGGGACAGCGATCTCTCTCGGAAGTAGGGCTTATCTTGA
                              cactgac  putative branch site (score: 79)
                                     ttaaatgttttacaa  TA-rich tract