Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtcagattagtcgttcaccttaccgctgtcgtggggagcgtcttggttttgatttatgtgagatttttaccatcctgaaggttaatgttcaatgctggttccactgcagcgactgacagagttactgtttttttgggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTGTCTGACTACGAGCAAAAGGGTCTTGATTCATTGAAGTCCGAGTTGATGT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S91_247V6.1
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208349685|gb|DC917863.1|DC917863
EST:     GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAG                         GTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
genomic: GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAGgtatgtcaga ... ggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
EST: gi|37852656|gb|BJ610664.1|BJ610664
EST:     GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAG                         GTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
genomic: GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAGgtatgtcaga ... ggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
EST: gi|162209148|gb|FC385367.1|FC385367
EST:     GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAG                         GTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
genomic: GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAGgtatgtcaga ... ggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
EST: gi|37848128|gb|BJ606136.1|BJ606136
EST:     GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAG                         GTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
genomic: GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAGgtatgtcaga ... ggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
EST: gi|67726357|gb|BJ976616.1|BJ976616
EST:     GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAG                         GTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
genomic: GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAGgtatgtcaga ... ggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
EST: gi|37844544|gb|BJ602552.1|BJ602552
EST:     GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAG                         GTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGTGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
genomic: GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAGgtatgtcaga ... ggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
EST: gi|37847509|gb|BJ605517.1|BJ605517
EST:     GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAG                         GTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
genomic: GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAGgtatgtcaga ... ggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
EST: gi|18340310|gb|BJ172338.1|BJ172338
EST:     GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAG                         GTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
genomic: GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAGgtatgtcaga ... ggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
EST: gi|37850927|gb|BJ608935.1|BJ608935
EST:     GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAG                         GTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
genomic: GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAGgtatgtcaga ... ggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
EST: gi|37821977|gb|BJ580043.1|BJ580043
EST:     GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAG                         GTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
genomic: GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAGgtatgtcaga ... ggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
EST: gi|162181210|gb|FC357629.1|FC357629
EST:     GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAG                         GTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
genomic: GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAGgtatgtcaga ... ggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
EST: gi|208367832|gb|DC954905.1|DC954905
EST:     GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAG                         GTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
genomic: GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAGgtatgtcaga ... ggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
EST: gi|162214047|gb|FC389885.1|FC389885
EST:     GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAG                         GTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
genomic: GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAGgtatgtcaga ... ggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
EST: gi|67694051|gb|BJ954284.1|BJ954284
EST:     GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAG                         GTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
genomic: GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAGgtatgtcaga ... ggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
EST: gi|37850258|gb|BJ608266.1|BJ608266
EST:     GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAG                         GTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
genomic: GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAGgtatgtcaga ... ggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
EST: gi|67723623|gb|BJ973882.1|BJ973882
EST:     GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAG                         GTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
genomic: GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAGgtatgtcaga ... ggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
EST: gi|37823496|gb|BJ581562.1|BJ581562
EST:     GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAG                         GTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
genomic: GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAGgtatgtcaga ... ggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
EST: gi|208392803|gb|DC953700.1|DC953700
EST:     GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAG                         GTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
genomic: GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAGgtatgtcaga ... ggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
EST: gi|67693648|gb|BJ953881.1|BJ953881
EST:     GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAG                         GTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
genomic: GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAGgtatgtcaga ... ggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
EST: gi|208370637|gb|DC948230.1|DC948230
EST:     GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAG                         GTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
genomic: GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAGgtatgtcaga ... ggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
EST: gi|162232670|gb|FC409221.1|FC409221
EST:     GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAG                         GTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
genomic: GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAGgtatgtcaga ... ggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
EST: gi|37840770|gb|BJ598778.1|BJ598778
EST:     GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAG                         GTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
genomic: GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAGgtatgtcaga ... ggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
EST: gi|37840408|gb|BJ598416.1|BJ598416
EST:     GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAG                         GTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGTTTGGGAAAATTG
genomic: GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAGgtatgtcaga ... ggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
EST: gi|162266484|gb|FC442520.1|FC442520
EST:     GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAG                         GTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
genomic: GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAGgtatgtcaga ... ggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
EST: gi|67726305|gb|BJ976564.1|BJ976564
EST:     GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAG                         GTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
genomic: GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAGgtatgtcaga ... ggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
EST: gi|162151332|gb|FC327461.1|FC327461
EST:     GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAG                         GTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG
genomic: GCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAGgtatgtcaga ... ggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 34 (upstream exon), 33 (downstream exon)
Score: 16

TGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGCCCAGGATATTGTGGAATGCAGCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGCTTGCCTTACTTCTCATCGAAGgtatgtcaga ... ggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTGTCTGACTACGAGCAAAAGGGTCTTGATTCATTGAAGTCCGAGTTGATGT




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aatgctggttccactgcagcgactgacagagttactgtttttttgggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTGTCTGACTACGAGCAAAAGGGTCTTGATTCATTGAAGTCCGAGTTGATGT
                    gactgac  putative branch site (score: 16)
                                   tgttttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtcagattagtcgttcaccttaccgctgtcgtggggagcgtcttggttttgatttatgtgagatttttaccatcctgaaggttaatgttcaatgctggttccactgcagcgactgacagagttactgtttttttgggtctggcagGTGCGTTTGGGCCCCAATGGTGTTGAGGAGGTTTTGGGCTTGGGAAAATTGTCTGACTACGAGCAAAAGGGTCTTGATTCATTGAAGTCCGAGTTGATGT

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG