Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGACGAGGAACTCGACGCTCTTACCAAGCGTACTCAAGATGGTGGAACGGAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttcattttacttcaagtacagccagtcttttacatgtgtgcggagcgtatgacttgaagtaccgggctgagctacttgatgcacactataataagcgcagcacgatatgatttgtgaatgtcattctgatttattgtggaaacgttgttttgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S91_247V6.1
intron # 5
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S91_247V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 5
lower sequence: EFJ08326 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 5
GTGACGAG-GAACTCGACGCTCTTACCAAGCGTACTCAAGATGGTGGAACGGAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttcattttacttcaagtacagccagtcttttacatgtgtgcggagcgtatgacttgaagtaccgggctgagctacttgatgcacactataataagcgcagcacgatatgatttgtgaatgtcattctgatttattgtggaaacgttgttttgcag
   || |  || ||||| ||||| |||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||| | || || ||||| || ||||| || || ||||| ||||||||||||   ||||   ||| | ||  ||| | ||    |      |      |   |||| |   |                                                                                              
-CAACAAAAGAGCTCGATGCTCTAACCAAGCGGACACAAGACGGTGGCACGGAGGTTGTCAAGGCGAAAGCCGGAAAAGGCTCTGCGACGTTATCCATGGCgtaagctctcttttttgtcaggaact-ccattgttaacaacacactctcgttcttcaactttatccag---------------------------------------------------------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208349685|gb|DC917863.1|DC917863
EST:     GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGC                         ATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
genomic: GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
EST: gi|37852656|gb|BJ610664.1|BJ610664
EST:     GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGC                         ATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
genomic: GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
EST: gi|162209148|gb|FC385367.1|FC385367
EST:     GAGGTTGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGC                         ATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCCTGAAGGGTATGAACGGTGC
genomic: GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
EST: gi|37848128|gb|BJ606136.1|BJ606136
EST:     GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGC                         ATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
genomic: GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
EST: gi|67726357|gb|BJ976616.1|BJ976616
EST:     GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGC                         ATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
genomic: GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
EST: gi|37844544|gb|BJ602552.1|BJ602552
EST:     GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGC                         ATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
genomic: GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
EST: gi|37847509|gb|BJ605517.1|BJ605517
EST:     GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGC                         ATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
genomic: GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
EST: gi|18340310|gb|BJ172338.1|BJ172338
EST:     GGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGC                         ATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
genomic: GGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
EST: gi|37850927|gb|BJ608935.1|BJ608935
EST:     GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGC                         ATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
genomic: GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
EST: gi|37821977|gb|BJ580043.1|BJ580043
EST:     GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGC                         ATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
genomic: GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
EST: gi|162181210|gb|FC357629.1|FC357629
EST:     GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGC                         ATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCCTGAAGGGTATGAACGGTGC
genomic: GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
EST: gi|208367832|gb|DC954905.1|DC954905
EST:     GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGC                         ATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTAC
genomic: GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
EST: gi|162214047|gb|FC389885.1|FC389885
EST:     GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGC                         ATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCCTGAAGGGTATGAACGGTGC
genomic: GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
EST: gi|162151333|gb|FC327462.1|FC327462
EST:     GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGC                         ATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCCTGAAGGGTATGAACGGTGC
genomic: GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
EST: gi|67694051|gb|BJ954284.1|BJ954284
EST:     GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGC                         ATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
genomic: GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
EST: gi|37850258|gb|BJ608266.1|BJ608266
EST:     GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGC                         ATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
genomic: GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
EST: gi|67723623|gb|BJ973882.1|BJ973882
EST:     GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGC                         ATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCCTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
genomic: GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
EST: gi|37823496|gb|BJ581562.1|BJ581562
EST:     GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGC                         ATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
genomic: GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
EST: gi|208392803|gb|DC953700.1|DC953700
EST:     GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGC                         ATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
genomic: GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
EST: gi|67693648|gb|BJ953881.1|BJ953881
EST:     GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGC                         ATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
genomic: GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
EST: gi|208370637|gb|DC948230.1|DC948230
EST:     GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGC                         ATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
genomic: GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
EST: gi|162232670|gb|FC409221.1|FC409221
EST:     GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGC                         ATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCCTGAAGGGTATGAACGGTGC
genomic: GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
EST: gi|19784263|gb|BQ040147.1|BQ040147
EST:     GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGC                         ATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGA
genomic: GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGA
EST: gi|37840770|gb|BJ598778.1|BJ598778
EST:     GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGC                         ATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
genomic: GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
EST: gi|37840408|gb|BJ598416.1|BJ598416
EST:     GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGC                         ATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
genomic: GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
EST: gi|162266484|gb|FC442520.1|FC442520
EST:     GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGC                         ATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
genomic: GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
EST: gi|67726305|gb|BJ976564.1|BJ976564
EST:     GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGC                         ATATGCTGGAGCCCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
genomic: GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC
EST: gi|162151332|gb|FC327461.1|FC327461
EST:     GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGC                         ATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCCTGAAGGGTATGAACGGTGC
genomic: GAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 27 (upstream exon), 25 (downstream exon)
Score: 8

GTGACGAGGAACTCGACGCTCTTACCAAGCGTACTCAAGATGGTGGAACGGAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttca ... tgttttgcagATATGCTGGAGCTCTATTTGCTGAGTCTTGCGTGAAGGGTATGAACGGTGCCCAGGATATTGTGGAATGCAGCTATGTTGCGTCATCTGTTGTTCCTGGC




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTGACGAGGAACTCGACGCTCTTACCAAGCGTACTCAAGATGGTGGAACGGAGGTCGTCCAAGCTAAGGCCGGCAAGGGCTCCGCAACTTTATCTATGGCgtaagcttcattttacttcaagtacagccagtcttttacatgtgtgcggagcgtatgacttgaagtaccgggctgagctacttgatgcacactataataagcgcagcacgatatgatttgtgaatgtcattctgatttattgtggaaacgttgttttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAAGCT