Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATACCAAGCCTAGCACGAGTTATAGAAAGAAGAGGGTAGATAAGCAGGACATGCCTAATGGTGCTGACCCTTACGAGGACCCAACCACAAAGCTTTATCAgtacgttttctttgctctgctttaaatgttgcgattctcactgccaaactaaccgcgtcagcttctttgctcattgccagtgtgatgggagctcatcagattgtgtgtgttgcattttgtacagtttatcgctagtgtgagcctcgactttaagttattgggcatgataatgtgtggcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S83_84V6.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100398116|gb|BY954096.1|BY954096
EST:     GCCTAATGGTGCTGACCCTTTTACGAG-ACC-ANC-ACAAAGCTTTATCA                         CACCAATGATGGCTTTGAATTGNCGACACCAGTGCTGTTAGTTGATGGATA
genomic: GCCTAATGGTGCTGACCCTT--ACGAGGACCCAACCACAAAGCTTTATCAgtacgttttc ... tgtgtggcagCACCAATGATGGCTTTGAATTGGCGACACCAGTGCTGTTAGTTGATGGATA
EST: gi|208358661|gb|DC957573.1|DC957573
EST:     ATGCCTAATGGTGCTGACCCTTACGAGGACCCAACCACAAAGCTTTATCA                         CACCAATGATGGCTTTGAATTGGCGACACCAGTGCTGTTAGTTGATGGATA
genomic: ATGCCTAATGGTGCTGACCCTTACGAGGACCCAACCACAAAGCTTTATCAgtacgttttc ... tgtgtggcagCACCAATGATGGCTTTGAATTGGCGACACCAGTGCTGTTAGTTGATGGATA
EST: gi|67694482|gb|BJ954715.1|BJ954715
EST:     ATGCCTAATGGTGCTGACCCTTACGAGGACCCAACCACAAAGCTTTATCA                         CACCAATGATGGCTTTGAATTGGCGACACCAGTGCTGTTAGTTGATGGATA
genomic: ATGCCTAATGGTGCTGACCCTTACGAGGACCCAACCACAAAGCTTTATCAgtacgttttc ... tgtgtggcagCACCAATGATGGCTTTGAATTGGCGACACCAGTGCTGTTAGTTGATGGATA
EST: gi|18348787|gb|BJ180836.1|BJ180836
EST:     ATGCCTAATGGTGCTGACCCTTACGAGGACCCAACCACAAAGCTTTATCA                         CACCAATGATGGCTTTGAATTGGCGACACCAGTGCTGTTAGTTGATGGATA
genomic: ATGCCTAATGGTGCTGACCCTTACGAGGACCCAACCACAAAGCTTTATCAgtacgttttc ... tgtgtggcagCACCAATGATGGCTTTGAATTGGCGACACCAGTGCTGTTAGTTGATGGATA