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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctaagggacgtgttgcctttgatttttttgtacagaatcttgcgtttctcgtttgaagtacctcttgctcatgtgctttttgcgacgttccatattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCACAAAGTTGATAGAAGCGACCTCCTTAACTTGGTCGGCTGCATCTACCTCA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S77_67V6.7
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100392571|gb|BY971776.1|BY971776
EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGTgtaagttagg ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|100418194|gb|BY993379.1|BY993379
EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGTgtaagttagg ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|100376489|gb|BY986191.1|BY986191
EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGTgtaagttagg ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|100422641|gb|BY976475.1|BY976475
EST:     AACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: AACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGTgtaagttagg ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|22491898|gb|BU051821.1|BU051821
EST:     GGAAACTTGGTAACGGCTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: GGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGTgtaagttagg ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|208363537|gb|DC935288.1|DC935288
EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGTgtaagttagg ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|100445545|gb|CJ975694.1|CJ975694
EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGTgtaagttagg ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|18356788|gb|BJ188847.1|BJ188847
EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGTgtaagttagg ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|100385543|gb|BY969880.1|BY969880
EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
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EST: gi|208348492|gb|DC913206.1|DC913206
EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
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EST: gi|100383536|gb|BY950320.1|BY950320
EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
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EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
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EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
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EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
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EST: gi|100398476|gb|BY972627.1|BY972627
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EST: gi|100412493|gb|BY974761.1|BY974761
EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGTgtaagttagg ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|162154996|gb|FC331414.1|FC331414
EST:     TGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
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EST: gi|162198662|gb|FC373456.1|FC373456
EST:     TTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGTgtaagttagg ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|208348942|gb|DC913366.1|DC913366
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genomic: GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGTgtaagttagg ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|100439008|gb|BY961914.1|BY961914
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EST: gi|100355006|gb|BY964953.1|BY964953
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EST: gi|162202569|gb|FC380058.1|FC380058
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EST: gi|18344081|gb|BJ176120.1|BJ176120
EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
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EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
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EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
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EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
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EST: gi|100430774|gb|BY978390.1|BY978390
EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
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EST: gi|100443863|gb|BY982091.1|BY982091
EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGTgtaagttagg ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
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EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
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EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
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EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
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EST: gi|162211311|gb|FC387541.1|FC387541
EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGTgtaagttagg ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|208350239|gb|DC901609.1|DC901609
EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
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EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTCCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
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EST: gi|100360794|gb|BY965904.1|BY965904
EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
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EST: gi|100441923|gb|BY981146.1|BY981146
EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
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EST: gi|100406878|gb|BY973912.1|BY973912
EST:     GTAACTTGGGAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
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EST: gi|162222137|gb|FC397365.1|FC397365
EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGTgtaagttagg ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|208400149|gb|DC904797.1|DC904797
EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGTgtaagttagg ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|100399468|gb|BY972734.1|BY972734
EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGTgtaagttagg ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|208347143|gb|DC901908.1|DC901908
EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGTgtaagttagg ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|100387879|gb|BY970624.1|BY970624
EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCCTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGTgtaagttagg ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|18354198|gb|BJ186254.1|BJ186254
EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGTgtaagttagg ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|100390415|gb|BY952823.1|BY952823
EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGTgtaagttagg ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|100390343|gb|BY952751.1|BY952751
EST:     GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGT                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: GTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGTgtaagttagg ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 33 (upstream exon), 22 (downstream exon)
Score: 13

TACTTATGATGATCGCTTGATTGGGAAGATGTAATAGTTTGAAAAGATCGGTAACTTGGAAACTTGGTAACGGTTGCGTGCTTATCTTCTTTCTGGAAGTgtaagttagg ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCACAAAGTTGATAGAAGCGACCTCCTTAACTTGGTCGGCTGCATCTACCTCA




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttctcgtttgaagtacctcttgctcatgtgctttttgcgacgttccatattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCACAAAGTTGATAGAAGCGACCTCCTTAACTTGGTCGGCTGCATCTACCTCA
                               ttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ctaagggacgtgttgcctttgatttttttgtacagaatcttgcgtttctcgtttgaagtacctcttgctcatgtgctttttgcgacgttccatattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCACAAAGTTGATAGAAGCGACCTCCTTAACTTGGTCGGCTGCATCTACCTCA

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