Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtatcatgtgtcgttttgttagtgccttctatacgtctcttgatttagactgctttcattaatctgagtttctgttcttgcttgttgtgatttgcttggtacgttgtttgacactttctgcgtgatatttatgtggcctcatccccggatttgttttgcagCTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTCATGGTTCTTGTCATTGCCATTCTCAATGACG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S6_11V6.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162193951|gb|FC371764.1|FC371764
EST:     ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTG                         CTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
genomic: ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTGgtatgtatca ... tgttttgcagCTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
EST: gi|162198821|gb|FC374304.1|FC374304
EST:     ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTG                         CTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
genomic: ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTGgtatgtatca ... tgttttgcagCTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
EST: gi|162174468|gb|FC350747.1|FC350747
EST:     ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTG                         CTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCAT-C
genomic: ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTGgtatgtatca ... tgttttgcagCTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
EST: gi|162252827|gb|FC428858.1|FC428858
EST:     ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTG                         CTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
genomic: ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTGgtatgtatca ... tgttttgcagCTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
EST: gi|162267612|gb|FC444675.1|FC444675
EST:     ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTG                         CTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
genomic: ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTGgtatgtatca ... tgttttgcagCTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
EST: gi|162185478|gb|FC362560.1|FC362560
EST:     ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTG                         CTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
genomic: ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTGgtatgtatca ... tgttttgcagCTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
EST: gi|162198374|gb|FC375547.1|FC375547
EST:     ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTG                         CTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
genomic: ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTGgtatgtatca ... tgttttgcagCTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
EST: gi|100379616|gb|BY949858.1|BY949858
EST:     ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTG                         CTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
genomic: ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTGgtatgtatca ... tgttttgcagCTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
EST: gi|162183362|gb|FC359277.1|FC359277
EST:     ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTG                         CTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
genomic: ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTGgtatgtatca ... tgttttgcagCTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
EST: gi|162184822|gb|FC361124.1|FC361124
EST:     ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTG                         CTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
genomic: ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTGgtatgtatca ... tgttttgcagCTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
EST: gi|162179356|gb|FC356305.1|FC356305
EST:     ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTG                         CTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
genomic: ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTGgtatgtatca ... tgttttgcagCTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
EST: gi|162176072|gb|FC351866.1|FC351866
EST:     ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTG                         CTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
genomic: ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTGgtatgtatca ... tgttttgcagCTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
EST: gi|162159442|gb|FC336231.1|FC336231
EST:     ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTG                         CTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
genomic: ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTGgtatgtatca ... tgttttgcagCTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
EST: gi|162178407|gb|FC354131.1|FC354131
EST:     ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTG                         CTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
genomic: ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTGgtatgtatca ... tgttttgcagCTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
EST: gi|162198177|gb|FC375480.1|FC375480
EST:     ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTG                         CTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
genomic: ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTGgtatgtatca ... tgttttgcagCTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
EST: gi|162197978|gb|FC373993.1|FC373993
EST:     ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTG                         CTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
genomic: ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTGgtatgtatca ... tgttttgcagCTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
EST: gi|162168958|gb|FC345640.1|FC345640
EST:     ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTG                         CTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
genomic: ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTGgtatgtatca ... tgttttgcagCTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
EST: gi|162153187|gb|FC329593.1|FC329593
EST:     ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTG                         CTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
genomic: ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTGgtatgtatca ... tgttttgcagCTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
EST: gi|162185798|gb|FC362354.1|FC362354
EST:     ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTG                         CTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
genomic: ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTGgtatgtatca ... tgttttgcagCTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
EST: gi|162163564|gb|FC339474.1|FC339474
EST:     ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTG                         CTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC
genomic: ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTGgtatgtatca ... tgttttgcagCTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 32 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 6

ATCTACGCTGTTTCTATCACCATCCGTATCGTGgtatgtatca ... tgttttgcagCTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTCATGGTTCTTGTCATTGCCATTCTCAATGACG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttgacactttctgcgtgatatttatgtggcctcatccccggatttgttttgcagCTTGGATTTATGCTACTGGCCTTGATATGGAAGTTCGACTTTTCACCATTCATGGTTCTTGTCATTGCCATTCTCAATGACG
 gtttgac  putative branch site (score: 6)
                                           tttgtttt  putative PPT
                tgatatttat  TA-rich tract