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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTTTAATTCAACATTACGACGAGGAAATATTACTCACCATGAATATATTCAGgttagttgcgttgatgtctttataccggtatttctctcttactcttggttaaatatgtaccttaattattatctgctatttaattttgtacgcatttggggatgtcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S67_234V6.1
intron # 41
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S67_234V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 41
lower sequence: GLYMA20G38860.1 (Glycine max), 5'ss of exon 42
GTTTTAATTCAACATTACGACGAGGAAATATTACTCACCATGAATATATTCAGgttagttgcgttgatgtctttataccggtatttctc-tcttactcttg-gttaaatatgtaccttaattattatctgctatttaattttgtacgcatttggggatgtcag
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GATTCAATTCAACCTTACGTCAAGGAAATATTACACATCATGAATATATTCAGgtgagacttgttgtt-taatgatgcctctacaacaaatccttttctaatattaaatttacag------------------------------------------------

upper sequence: PP1S67_234V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 41
lower sequence: GLYMA10G44150.1 (Glycine max), 5'ss of exon 40
GTTTTAATTCAACATTACGACGAGGAAATATTACTCACCATGAATATATTCAGgttagttgcgttgatgtctttataccggtatttctc-tcttactcttg-gttaaatatgtaccttaattattatctgctatttaattttgtacgcatttggggatgtcag
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GATTCAATTCAACCTTACGTCAAGGAAATATTACACATCATGAATATATTCAGgtgagacttgttgtt-tattgatccctctacaacaaatcgttttctaatattaaatttacag------------------------------------------------

upper sequence: PP1S67_234V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 41
lower sequence: Vv06s0004g01200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 37
GTTTTAATTCAACATTACGACGAGGAAATATTACTCACCATGAATATATTCAGgttagttgcgttgatgtctttataccggtatttctctcttactcttggttaaatatgtaccttaattattatctgctatttaattttgtacgcatttggggatgtcag
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GATTCAATTCAACATTGCGCCAAGGGAATGTTACTCATCATGAATATATTCAGgtaag------------------accactatttgtctatttgatataattacaggaaaaaaaaaa-----atctctaatctaagtttacag-----------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162279974|gb|FC456160.1|FC456160
EST:     TTAATTCAACATTACGACGAGGAAATATTACTCACCATGAATATATTCAG                         TGCGGAAAGGGACGCGACGTGGGTTTAAACCAGATCGCGGCTTTTGAAGGC
genomic: TTAATTCAACATTACGACGAGGAAATATTACTCACCATGAATATATTCAGgttagttgcg ... gggatgtcagTGCGGAAAGGGACGCGACGTGGGTTTAAACCAGATCGCGGCTTTTGAAGGC