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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTGCGAGTACGCGTACACGCTGGCACAAGATCTGGATCCGAATAGTGAAGGCAGAGGCGTTTTGCAATTCAAGACGGGTTTGTTGTCCGTCATTAAGgtgctctttgacctaaaactttaagctcatattaccaggggatagatactccatgatcacatcctgttttctctcaatccaacttcattcttataaggttctggtgcatctaggctgatgaacatacttcctggttttatggaatatgtgttcgctgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S67_234V6.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S67_234V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA10G44150.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
TGTGCGAGTACGCGTACACGCTGGCACAAGATCTGGATCCGAATAGTGAAGGCAGAGGCGTTTTGCAATTCAAGACGGGTTTGTTGTCCGTCATTAAGgtgctctttgacctaaaactttaagctcatattaccaggggatagatactcc--atgatcacatcctgttttctctcaatccaacttcattcttataaggttctggtgcatctaggctgatgaacatacttcctggttttatggaatatgtgttcgctgcag
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TATGTGAGCATGCATATTCATTATCTCAAAATTTGGACCCCAACAGTGAAGGCCGAGGTGTTTTGCAATTCAAGACTGGTTTGATGTCTGTCATCAAGgta-----taaatttagagtctacttttatgtaagataaaaattg-tgctcgggatatttgacttgtgcatactggtatcagtggtatgtttttatttgtttgtga--------------------------------------------------------

upper sequence: PP1S67_234V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA20G38860.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
TGTGCGAGTACGCGTACACGCTGGCACAAGATCTGGATCCGAATAGTGAAGGCAGAGGCGTTTTGCAATTCAAGACGGGTTTGTTGTCCGTCATTAAGgtgctctttgacctaaaactttaagctcatatta---ccaggggatagatactccatgatcacatcctgttttctctcaatccaacttcattcttataaggttctggtgcatctaggctgatgaacatacttcctggttttatggaatatgtgttcgctgcag
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TATGTGAGCATGCATATTCATTATCTCAAAATTTGGATCCTAACAGTGAAGGCCGAGGTGTTTTACAATTCAAGACTGGTTTGATGTCTGTCATCAAGgtagaaatttattgtctacttttatgtaaaataaaagttgtgctcaggatacttgacatgtgcataccggtatgttttgatttgtctgtgactttgtggt---------------------------------------------------------------

upper sequence: PP1S67_234V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT3G07160.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
TGTGCGAGTACGCGTACACGCTGGCACAAGATCTGGATCCGAATAGTGAAGGCAGAGGCGTTTTGCAATTCAAGACGGGTTTGTTGTCCGTCATTAAGgtgctctttgacctaaaactttaagctcatattaccaggggatagatactccatgatcacatcctgttttctctcaatccaacttcattcttataaggttctggtgcatctaggctgatgaacatacttcctggttttatggaatatgtgttcgctgcag
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TATGTGAGCATGGTTACTCACTTGCACAAAATCTCGATCCTAATAGTGAAGGCAGAGGTGTTTTACAGTTCAAAACTGGATTGATGTCTGTTATTAAGgtatttttctcttatgtatgttagatacagtcatccatatgtttgttac-cgaccacttcattgaatatgttatttatgccattggaagct-gcatgaatcc----------------------------------------------------------