Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   		38  
 5'  3'   		39  
 5'  3'   		40  
 5'  3'   
41  
 5'  3'   		42  
 5'  3'   		43  
 5'  3'   		44  
 5'  3'   		45  
 5'  3'   		46  
 5'  3'   		47  
 5'  3'   		48  
 5'  3'   		49  
 5'  3'   		50  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...accctttcactttctgcctgcggtcgaatgaatgttcttcttcacccaattaaccaaaagctaatggtttctacgcgtttaaaatttgaaattcgagcagTGTGCGAGTACGCGTACACGCTGGCACAAGATCTGGATCCGAATAGTGAAGGCAGAGGCGTTTTGCAATTCAAGACGGGTTTGTTGTCCGTCATTAAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S67_234V6.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S67_234V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA10G44150.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
accctttc---actttctgcctgcggtcgaatgaatgttcttcttcacccaattaaccaaaagctaatggtttctacgcgtttaaaatttgaaatt-cgagcagTGTGCGAGTACGCGTACACGCTGGCACAAGATCTGGATCCGAATAGTGAAGGCAGAGGCGTTTTGCAATTCAAGACGGGTTTGTTGTCCGTCATTAAG
  |||||    || || | | ||        |  || | | |   |   |||  | | | |     | |  || |  |   | | ||||   | ||    ||||| || ||| | || ||  |  |  | ||| || |||| || || ||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||| |||| ||||| |||
--cctttggaaacatttttcttgaaaattcctatatatacgttgaccaacaaacacctatagat--acgtattgtttgttctaataattcttatttgtttgcagTATGTGAGCATGCATATTCATTATCTCAAAATTTGGACCCCAACAGTGAAGGCCGAGGTGTTTTGCAATTCAAGACTGGTTTGATGTCTGTCATCAAG

upper sequence: PP1S67_234V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 1
lower sequence: GLYMA20G38860.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
accctttcactttctgcctgcggtcgaatgaatgttcttcttcacccaattaaccaaaagc-taatggtttctacgcgtt-taaaatttgaaattcg--agcagTGTGCGAGTACGCGTACACGCTGGCACAAGATCTGGATCCGAATAGTGAAGGCAGAGGCGTTTTGCAATTCAAGACGGGTTTGTTGTCCGTCATTAAG
        || || | | ||       ||  || | |||   |   |||    | | |  | | ||   |  |    ||| ||| | ||   ||| |   ||||| || ||| | || ||  |  |  | ||| || ||||||| || ||||||||| |||| ||||| ||||||||||| |||||| |||| ||||| |||
----gaaaacatttttcttgaaaattcatatatatactttgaccaacaagctcctatagacatgatacctattgtttgttctaataattcttatttgtttgcagTATGTGAGCATGCATATTCATTATCTCAAAATTTGGATCCTAACAGTGAAGGCCGAGGTGTTTTACAATTCAAGACTGGTTTGATGTCTGTCATCAAG

upper sequence: PP1S67_234V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 1
lower sequence: AT3G07160.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
-----accctttcactttctgcctgcggtcgaatgaatgttcttcttcacccaattaaccaaaagctaatggtttctacgcgtttaaaatttgaaattcgagcagTGTGCGAGTACGCGTACACGCTGGCACAAGATCTGGATCCGAATAGTGAAGGCAGAGGCGTTTTGCAATTCAAGACGGGTTTGTTGTCCGTCATTAAG
       | | | ||||      ||      |  |  | |   | |||       |   |||   |  |  |||   |     || | | |||   | |  ||||| || ||| | |  ||| | || |||||| |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||| || || ||| |||| || ||||||
gtaagctcttcttacttgggttttgttccttagcgggtttagcttttcttttctctgtgcaatgac--actgttgtgatcttcttgacaattgttttact-gcagTATGTGAGCATGGTTACTCACTTGCACAAAATCTCGATCCTAATAGTGAAGGCAGAGGTGTTTTACAGTTCAAAACTGGATTGATGTCTGTTATTAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccaattaaccaaaagctaatggtttctacgcgtttaaaatttgaaattcgagcagTGTGCGAGTACGCGTACACGCTGGCACAAGATCTGGATCCGAATAGTGAAGGCAGAGGCGTTTTGCAATTCAAGACGGGTTTGTTGTCCGTCATTAAG
                                tttaaaatttgaaatt  TA-rich tract