Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCTACTGGGGCGACGCTAAGGAGAAGCTCTGCAGTTCCGTTGTGGACGTGCCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAGgtgtgattgcccggaactcttctttccgagtaacgaatttattttgtgctgtgtaccaattctatgttctctagtttcgggttgcaagaaaaatggcatgttgatttactaccatgtctattggcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S62_204V6.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162247294|gb|FC421415.1|FC421415
EST:     CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAG                         GGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCC
genomic: CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAGgtgtgattgc ... ctattggcagGGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCC
EST: gi|67692818|gb|BJ953051.1|BJ953051
EST:     CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAG                         GGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCC
genomic: CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAGgtgtgattgc ... ctattggcagGGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCC
EST: gi|19786273|gb|BQ040456.1|BQ040456
EST:     CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAG                         GGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCC
genomic: CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAGgtgtgattgc ... ctattggcagGGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCC
EST: gi|15261345|gb|BI436655.1|BI436655
EST:     CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAG                         GGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCC
genomic: CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAGgtgtgattgc ... ctattggcagGGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCC
EST: gi|162218004|gb|FC393688.1|FC393688
EST:     CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTTTCAGCAGCATCAAAAG                         GGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCC
genomic: CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAGgtgtgattgc ... ctattggcagGGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCC
EST: gi|162247295|gb|FC421416.1|FC421416
EST:     CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAG                         GGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCC
genomic: CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAGgtgtgattgc ... ctattggcagGGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCC
EST: gi|15261874|gb|BI437184.1|BI437184
EST:     CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAG                         GGCCTTCATGGGAAGCGTTAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCC
genomic: CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAGgtgtgattgc ... ctattggcagGGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCC
EST: gi|162218005|gb|FC393689.1|FC393689
EST:     CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAG                         GGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCC
genomic: CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAGgtgtgattgc ... ctattggcagGGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCC
EST: gi|162237708|gb|FC413323.1|FC413323
EST:     CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAG                         GGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCC
genomic: CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAGgtgtgattgc ... ctattggcagGGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 24 (downstream exon)
Score: 11

TCTACTGGGGCGACGCTAAGGAGAAGCTCTGCAGTTCCGTTGTGGACGTGCCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAGgtgtgattgc ... ctattggcagGGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCCCGTTACTATAGTGAAGTTGCCGCCCAGTTGAGCGGAAGATTGTCGGTCT




<











<


<