1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtgtgattgcccggaactcttctttccgagtaacgaatttattttgtgctgtgtaccaattctatgttctctagtttcgggttgcaagaaaaatggcatgttgatttactaccatgtctattggcagGGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCCCGTTACTATAGTGAAGTTGCCGCCCAGTTGAGCGGAAGATTGTCGGTCT
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S62_204V6.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAG GGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCCEST: gi|67692818|gb|BJ953051.1|BJ953051
genomic: CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAGgtgtgattgc ... ctattggcagGGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCC
EST: CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAG GGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCCEST: gi|19786273|gb|BQ040456.1|BQ040456
genomic: CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAGgtgtgattgc ... ctattggcagGGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCC
EST: CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAG GGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCCEST: gi|15261345|gb|BI436655.1|BI436655
genomic: CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAGgtgtgattgc ... ctattggcagGGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCC
EST: CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAG GGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCCEST: gi|162218004|gb|FC393688.1|FC393688
genomic: CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAGgtgtgattgc ... ctattggcagGGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCC
EST: CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTTTCAGCAGCATCAAAAG GGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCCEST: gi|162247295|gb|FC421416.1|FC421416
genomic: CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAGgtgtgattgc ... ctattggcagGGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCC
EST: CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAG GGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCCEST: gi|15261874|gb|BI437184.1|BI437184
genomic: CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAGgtgtgattgc ... ctattggcagGGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCC
EST: CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAG GGCCTTCATGGGAAGCGTTAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCCEST: gi|162218005|gb|FC393689.1|FC393689
genomic: CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAGgtgtgattgc ... ctattggcagGGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCC
EST: CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAG GGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCCEST: gi|162237708|gb|FC413323.1|FC413323
genomic: CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAGgtgtgattgc ... ctattggcagGGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCC
EST: CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAG GGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCC
genomic: CCCCTGGATTACCTTGTCATGGGATGCCGAGGTCTCAGCAGCATCAAAAGgtgtgattgc ... ctattggcagGGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCC
agtttcgggttgcaagaaaaatggcatgttgatttactaccatgtctattggcagGGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCCCGTTACTATAGTGAAGTTGCCGCCCAGTTGAGCGGAAGATTGTCGGTCT
tgttgat putative branch site (score: 11)
aagaaaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgtgattgcccggaactcttctttccgagtaacgaatttattttgtgctgtgtaccaattctatgttctctagtttcgggttgcaagaaaaatggcatgttgatttactaccatgtctattggcagGGCCTTCATGGGAAGCGTAAGCAACTATGTGGTAAACAACGTACCTTGCCCCGTTACTATAGTGAAGTTGCCGCCCAGTTGAGCGGAAGATTGTCGGTCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA