Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCTTTGTTATGGCAAGTTAGAGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTCGGTGCTGCTCGGTCGCCTTgtaagtttcctgcgcgtctttcacatactcttaaatgtgggcgcaataggcgtgtcatgcttaaatgcctttgaacattcaatgtcgggctggtcaaatg...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S62_200V6.1
intron # 4
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208381799|gb|DC903297.1|DC903297
EST:     ANGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTCGGTGCTGCTCGGTCGCCTT                         TCAGGATTGATGG
genomic: AGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTCGGTGCTGCTCGGTCGCCTTgtaagtttcc ... caccctgcagTCAGGATTGATGG
EST: gi|208396961|gb|DC924643.1|DC924643
EST:     AGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTCGGTGCTGCTCGGTCGCCTT                         TCAGGATTGATGGATGACGAGGAACAGCTGGGTCTTCTAGCGGCATGGATG
genomic: AGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTCGGTGCTGCTCGGTCGCCTTgtaagtttcc ... caccctgcagTCAGGATTGATGGATGACGAGGTACAGCTGGGTCTTCTAGCGGCATGGATG
EST: gi|100420949|gb|BY993540.1|BY993540
EST:     AGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTCGGTGCTGCTCGGTCGCCTT                         TCAGGATTGATGGATGACGAGGTACAGCTGGGTCTTCTAGCGGCATGGATG
genomic: AGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTCGGTGCTGCTCGGTCGCCTTgtaagtttcc ... caccctgcagTCAGGATTGATGGATGACGAGGTACAGCTGGGTCTTCTAGCGGCATGGATG
EST: gi|208353222|gb|DC921882.1|DC921882
EST:     AGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTCGGTGCTGCTCGGTCGCCTT                         TCAGGATTGATGGATGACGAGGTACAGCTGGGTCTTCTAGCGGCATGGATG
genomic: AGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTCGGTGCTGCTCGGTCGCCTTgtaagtttcc ... caccctgcagTCAGGATTGATGGATGACGAGGTACAGCTGGGTCTTCTAGCGGCATGGATG
EST: gi|208346777|gb|DC901547.1|DC901547
EST:     AAGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTCGGTGCTGCTCGGTCGCCTT                         TCAGGATTGATGGATGAC-AGGTACAGCTGGGTCT
genomic: AGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTCGGTGCTGCTCGGTCGCCTTgtaagtttcc ... caccctgcagTCAGGATTGATGGATGACGAGGTACAGCTGGGTCT
EST: gi|100370792|gb|BY948518.1|BY948518
EST:     AGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTCGGTGCTGCTCGGTCGCCTT                         TCAGGATTGATGGATGACGAGGTACAGCTGGGTCTTCTAGCGGCATGAATG
genomic: AGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTCGGTGCTGCTCGGTCGCCTTgtaagtttcc ... caccctgcagTCAGGATTGATGGATGACGAGGTACAGCTGGGTCTTCTAGCGGCATGGATG
EST: gi|208365536|gb|DC954777.1|DC954777
EST:     AGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTCGGTGCTGCTCGGTCGCCTT                         TCAGGATTGATGGATGACGAGGTACAGCTGGGTCTTCTAGCGGCATGGATG
genomic: AGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTCGGTGCTGCTCGGTCGCCTTgtaagtttcc ... caccctgcagTCAGGATTGATGGATGACGAGGTACAGCTGGGTCTTCTAGCGGCATGGATG
EST: gi|18336341|gb|BJ168363.1|BJ168363
EST:     TTTGTCATCCCTTCGGTGCTGCTCGGTCGCCTT                         TCAGGATTGATGGATGACGAGGTACAGCTGGGTCTTCTAGCGGCATGGATG
genomic: TTTGTCATCCCTTCGGTGCTGCTCGGTCGCCTTgtaagtttcc ... caccctgcagTCAGGATTGATGGATGACGAGGTACAGCTGGGTCTTCTAGCGGCATGGATG
EST: gi|100409252|gb|BY991921.1|BY991921
EST:     AGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTCGGTGCTGCTCGGTCGCCTT                         TCAGGATTGATGGATGACGAGGTACAGCTGGGTCTTCTAGCGGCATGGATG
genomic: AGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTCGGTGCTGCTCGGTCGCCTTgtaagtttcc ... caccctgcagTCAGGATTGATGGATGACGAGGTACAGCTGGGTCTTCTAGCGGCATGGATG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 32 (downstream exon)
Score: 13

GGCTTTGTTATGGCAAGTTAGAGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTCGGTGCTGCTCGGTCGCCTTgtaagtttcc ... caccctgcagTCAGGATTGATGGATGACGAGGTACAGCTGGGTCTTCTAGCGGCATGGATGGCTCTCTTCGCAGTCTTCGCATCTCGCAAGTTCACTCAACCCATCAAGG




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGCTTTGTTATGGCAAGTTAGAGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTCGGTGCTGCTCGGTCGCCTTgtaagtttcctgcgcgtctttcacatactcttaaatgtgggcgcaataggcgtgtcatgcttaaatgcctttgaacattcaatgtcgggctggtcaaatg

- - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT