1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...cgagcgttcagagatgtgacgctgcgctcgttggttgtaacgctctcttgatgctagtgcaccattcaccaggatcttatacctttgacgcaaaatgcagGGCTTTGTTATGGCAAGTTAGAGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTCGGTGCTGCTCGGTCGCCTT
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S62_200V6.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GGCTGTTGGGCCACTCTTTGCATCCTTGACTGGACTTGTTTTTAAGGAAG GGCTTTGTTATGGCAAGTTAGANGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTEST: gi|208396961|gb|DC924643.1|DC924643
genomic: GGCTGTTGGGCCACTCTTTGCATCCTTGACTGGACTTGTTTTTAAGGAAGgcaagttacc ... caaaatgcagGGCTTTGTTATGGCAAGTTAGAGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTT
EST: GGCTGTTGGGCCACTCTTTGCATCCTTGACTGGACTTGTTTTTAAGGAAG GGCTTTGTTATGGCAAGTTAGAGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTEST: gi|100420949|gb|BY993540.1|BY993540
genomic: GGCTGTTGGGCCACTCTTTGCATCCTTGACTGGACTTGTTTTTAAGGAAGgcaagttacc ... caaaatgcagGGCTTTGTTATGGCAAGTTAGAGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTT
EST: GGCTGTTGGGCCACTCTTTGCATCCTTGACTGGACTTGTTTTTAAGGAAG GGCTTTGTTATGGCAAGTTAGAGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTEST: gi|208353222|gb|DC921882.1|DC921882
genomic: GGCTGTTGGGCCACTCTTTGCATCCTTGACTGGACTTGTTTTTAAGGAAGgcaagttacc ... caaaatgcagGGCTTTGTTATGGCAAGTTAGAGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTT
EST: GGCTGTTGGGCCACTCTTTGCATCCTTGACTGGACTTGTTTTTAAGGAAG GGCTTTGTTATGGCAAGTTAGAGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTEST: gi|208346777|gb|DC901547.1|DC901547
genomic: GGCTGTTGGGCCACTCTTTGCATCCTTGACTGGACTTGTTTTTAAGGAAGgcaagttacc ... caaaatgcagGGCTTTGTTATGGCAAGTTAGAGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTT
EST: GGCTGTTGGGCCACTCTTTGCATCCTTGACTGGACTTGTTTTTAAGGAAG GGCTTTGTTATGGCAAGTTAGAAGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTEST: gi|100370792|gb|BY948518.1|BY948518
genomic: GGCTGTTGGGCCACTCTTTGCATCCTTGACTGGACTTGTTTTTAAGGAAGgcaagttacc ... caaaatgcagGGCTTTGTTATGGCAAGTTAGAGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTT
EST: GCTGTTGGGCCACTCTTTGCATCCTTGACTGGACTTGTTTTTTAAGGA-G GGCTTTGTTATGGCAAGTTAGAGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTEST: gi|208370830|gb|DC936206.1|DC936206
genomic: GCTGTTGGGCCACTCTTTGCATCCTTGACTGGACTTGTTTTT-AAGGAAGgcaagttacc ... caaaatgcagGGCTTTGTTATGGCAAGTTAGAGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCT
EST: GGCTGTTGGGCCACTCTTTGCATCCTTGACTGGACTTGTTTTTAAGGAAG GGCTTTGTTATGGCAAGTTAGAGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTEST: gi|208365536|gb|DC954777.1|DC954777
genomic: GGCTGTTGGGCCACTCTTTGCATCCTTGACTGGACTTGTTTTTAAGGAAGgcaagttacc ... caaaatgcagGGCTTTGTTATGGCAAGTTAGAGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTT
EST: GGCTGTTGGGCCACTCTTTGCATCCTTGACTGGACTTGTTTTTAAGGAAG GGCTTTGTTATGGCAAGTTAGAGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTEST: gi|100409252|gb|BY991921.1|BY991921
genomic: GGCTGTTGGGCCACTCTTTGCATCCTTGACTGGACTTGTTTTTAAGGAAGgcaagttacc ... caaaatgcagGGCTTTGTTATGGCAAGTTAGAGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTT
EST: GGCTGTTGGGCCACTCTTTGCATCCTTGACTGGACTTGTTTTTAANGAAG GGCTTTGTTATGGCAAGTTAGAGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTT
genomic: GGCTGTTGGGCCACTCTTTGCATCCTTGACTGGACTTGTTTTTAAGGAAGgcaagttacc ... caaaatgcagGGCTTTGTTATGGCAAGTTAGAGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTT
tcttgatgctagtgcaccattcaccaggatcttatacctttgacgcaaaatgcagGGCTTTGTTATGGCAAGTTAGAGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTCGGTGCTGCTCGGTCGCCTT
ctttgac putative branch site (score: 7)
atcttata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cgagcgttcagagatgtgacgctgcgctcgttggttgtaacgctctcttgatgctagtgcaccattcaccaggatcttatacctttgacgcaaaatgcagGGCTTTGTTATGGCAAGTTAGAGGCGGCTGCTCTGTTCTTTGTCATCCCTTCGGTGCTGCTCGGTCGCCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT