Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCGGCGTCGTTACGGAGCTGTTCGAGCCATTCGGAGAGCTTGTCAGAAACTGGAACTTGCCAGAATGGATAGTACATTGGGGTCACCCAGCGAACATGgtaagtgtacttccgagagctttcccacgtaacagtgtttagttgggcccgttaatcttaggagcggcaaggatattctcacagacgcttgagtgaacgctttgtgcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S567_14V6.1
intron # 3
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208388939|gb|DC932967.1|DC932967
EST:     ACTGGAACTTGCCAGAATGGATAGTACATTGGGGTCACCCAGCGAACATG                         GCGGTGGTGTTGTTCGCTATGGGTGGCTACGGCTCCTACCTGGGTTGGCAA
genomic: ACTGGAACTTGCCAGAATGGATAGTACATTGGGGTCACCCAGCGAACATGgtaagtgtac ... ctttgtgcagGCGGTGGTGTTGTTCGCTATGGGTGGCTACGGCTCCTACCTGGGTTGGCAA
EST: gi|208390909|gb|DC942227.1|DC942227
EST:     ACTGGAACTTGCCAGAATGGATAGTACATTGGGGTCACCCAGCGAACATG                         GCGGTGGTGTTGTTCGCTATGGGTGGCTACGGCTCCTACCTGGGTTGGCAA
genomic: ACTGGAACTTGCCAGAATGGATAGTACATTGGGGTCACCCAGCGAACATGgtaagtgtac ... ctttgtgcagGCGGTGGTGTTGTTCGCTATGGGTGGCTACGGCTCCTACCTGGGTTGGCAA
EST: gi|67698515|gb|BJ958748.1|BJ958748
EST:     ACTGGAACTTGCCAGAATGGATAGTACATTGGGGTCACCCAGCGAACATG                         GCGGTGGTGTTGTTCGCTATGGGTGGCTACGGCTCCTACCTGGGTTGGCAA
genomic: ACTGGAACTTGCCAGAATGGATAGTACATTGGGGTCACCCAGCGAACATGgtaagtgtac ... ctttgtgcagGCGGTGGTGTTGTTCGCTATGGGTGGCTACGGCTCCTACCTGGGTTGGCAA
EST: gi|162219881|gb|FC396696.1|FC396696
EST:     ACTGGAACTTGCCAGAATGGATAGTACATTGGGGTCACCCAGCGAACATG                         GCGGTGGTGTTGTTCGCTATGGGTGGCTACGGCTCCTACCTGGGTTGGCAA
genomic: ACTGGAACTTGCCAGAATGGATAGTACATTGGGGTCACCCAGCGAACATGgtaagtgtac ... ctttgtgcagGCGGTGGTGTTGTTCGCTATGGGTGGCTACGGCTCCTACCTGGGTTGGCAA
EST: gi|67575066|gb|BJ947890.1|BJ947890
EST:     ACTGGAACTTGCCAGAATGGATAGTACATTGGGGTCACCCAGCGAACATG                         GCGGTGGTGTTGTTCGCTATGGGTGGCTACGGCTCCTACCTGGGTTGGCAA
genomic: ACTGGAACTTGCCAGAATGGATAGTACATTGGGGTCACCCAGCGAACATGgtaagtgtac ... ctttgtgcagGCGGTGGTGTTGTTCGCTATGGGTGGCTACGGCTCCTACCTGGGTTGGCAA