Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gttacaactcacttttagtttttaaatggtagaatgttgtgcacttttaattgattcgaagatatgctgtcttattcaagtgaatttttctcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACAAGCTGGGAGAGGTTTTGAAAAACATCAGCTCGATCGTGATTGCAAAGA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S422_7V6.2
intron # 7
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162198842|gb|FC372869.1|FC372869
EST:     CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|208378241|gb|DC918862.1|DC918862
EST:     GATGTCGNTNTTGAG                         GTCTATGCCCCTT-GTGT-GTCACTGCCAAGC-TTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: GATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|15261762|gb|BI437072.1|BI437072
EST:     CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|18340941|gb|BJ172972.1|BJ172972
EST:     CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|100413810|gb|BY974995.1|BY974995
EST:     AACCTTCGACGACGAT-GTCTTGCATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCACCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCT
genomic: AACCTTCGACGA-GATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCT
EST: gi|162254392|gb|FC430527.1|FC430527
EST:     CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|162230556|gb|FC407146.1|FC407146
EST:     CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|162263114|gb|FC439780.1|FC439780
EST:     CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|162254391|gb|FC430526.1|FC430526
EST:     CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|18335567|gb|BJ167587.1|BJ167587
EST:     CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|162256673|gb|FC433191.1|FC433191
EST:     CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|162249688|gb|FC426516.1|FC426516
EST:     CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|208377612|gb|DC926894.1|DC926894
EST:     TCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: TCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|37853537|gb|BJ611545.1|BJ611545
EST:     GACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: GACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|162273996|gb|FC450343.1|FC450343
EST:     CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|162166449|gb|FC342431.1|FC342431
EST:     AGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: AGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|162181355|gb|FC357085.1|FC357085
EST:     GTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: GTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|67720293|gb|BJ970552.1|BJ970552
EST:     CGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: CGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|208398676|gb|DC916199.1|DC916199
EST:     CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|100431989|gb|BY978609.1|BY978609
EST:     CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTACCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|7047275|gb|AW477169.1|AW477169
EST:     CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|162248897|gb|FC422891.1|FC422891
EST:     CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|162270571|gb|FC446496.1|FC446496
EST:     CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|162262523|gb|FC439735.1|FC439735
EST:     CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|162185364|gb|FC360938.1|FC360938
EST:     CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|37828074|gb|BJ586086.1|BJ586086
EST:     CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|15262155|gb|BI437465.1|BI437465
EST:     CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|100413123|gb|BY992598.1|BY992598
EST:     CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|208350976|gb|DC925981.1|DC925981
EST:     CAACNTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTNTATGCCCNTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|162273997|gb|FC450344.1|FC450344
EST:     CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|18363630|gb|BJ195702.1|BJ195702
EST:     CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
EST: gi|162257577|gb|FC433711.1|FC433711
EST:     CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAG                         GTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC
genomic: CAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 44

AACGATGGACCAGTGAAGATTGTTGTATCTTCAACCTTCGACGAGATTGTCTTGGATGAATCCAAGGATGTCGTTCTTGAGgtacaagctt ... tcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACAAGCTGGGAGAGGTTTTGAAAAACATCAGCTCGATCGTGATTGCAAAGA




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttaattgattcgaagatatgctgtcttattcaagtgaatttttctcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACAAGCTGGGAGAGGTTTTGAAAAACATCAGCTCGATCGTGATTGCAAAGA
                                       tttttctcctgctt  CT-rich tract
                                   tgaattttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttacaactcacttttagtttttaaatggtagaatgttgtgcacttttaattgattcgaagatatgctgtcttattcaagtgaatttttctcctgcttagGTCTATGCCCCTTGGTGTGGTCACTGCCAAGCTTTGGAGCCAGAATACAACAAGCTGGGAGAGGTTTTGAAAAACATCAGCTCGATCGTGATTGCAAAGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAAG