1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...aaatttgatgaagtgaaaaagcgaacttaaagcgtgcattcaacatccttcatagtggtaagcggtttcactcaggtagctagttcttttggttgtgcagGCAAGCTTGCAGGAGTTGATAAGAAGCTGTCACGAAGTTTGGAGCAAGAG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S207_52V6.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGTTGATGTGGGAGGATGCATGATTCAAGGTGGCTTGGAGGCATACTCAT GCAAGCTTGCAGGAGTTGATAAGAAGCTGTCACGAAGGTTGGAGCAAGAGEST: gi|208367169|gb|DC947847.1|DC947847
genomic: TGTTGATGTGGGAGGATGCATGATTCAAGGTGGCTTGGAGGCATACTCATgtaagttttc ... ggttgtgcagGCAAGCTTGCAGGAGTTGATAAGAAGCTGTCACGAAGTTTGGAGCAAGAG
EST: TGTTGATG-GGGAGGATGCATGATTCAAGGTGGC-TGGAGGCATACTCAT GCAAGCTTGCAGGAGNTGATAAGAAGCTGTCACGAAGTTTGGAGCAAGAGEST: gi|18363976|gb|BJ196049.1|BJ196049
genomic: TGTTGATGTGGGAGGATGCATGATTCAAGGTGGCTTGGAGGCATACTCATgtaagttttc ... ggttgtgcagGCAAGCTTGCAGGAGTTGATAAGAAGCTGTCACGAAGTTTGGAGCAAGAG
EST: TGTTGATGTGGGAGGATGCATGATTCAAGGTGGCTTGGAGGCATACTCAT GCAAGCTTGCAGGAGTTGATAAGAAGCTGTCACGAAGTTTGGAGCAAGAG
genomic: TGTTGATGTGGGAGGATGCATGATTCAAGGTGGCTTGGAGGCATACTCATgtaagttttc ... ggttgtgcagGCAAGCTTGCAGGAGTTGATAAGAAGCTGTCACGAAGTTTGGAGCAAGAG
tccttcatagtggtaagcggtttcactcaggtagctagttcttttggttgtgcagGCAAGCTTGCAGGAGTTGATAAGAAGCTGTCACGAAGTTTGGAGCAAGAG
ttcttttg CT-rich tract
ttctttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaatttgatgaagtgaaaaagcgaacttaaagcgtgcattcaacatccttcatagtggtaagcggtttcactcaggtagctagttcttttggttgtgcagGCAAGCTTGCAGGAGTTGATAAGAAGCTGTCACGAAGTTTGGAGCAAGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA