Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTGgtaagttcgaaccatttataattagtatgttcaatcgagcagtcatgattttttaagaatctttgttctgttttttttttcttaacttgttttgtatag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os11g04980.1
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29679209|gb|CB675484.1|CB675484
EST:     GCCTTATAGTG                         GTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
genomic: GCCTTATAGTGgtaagttcga ... ttttgtatagGTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
EST: gi|29671403|gb|CB667678.1|CB667678
EST:     CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTG                         GTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
genomic: CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTGgtaagttcga ... ttttgtatagGTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
EST: gi|33676001|gb|CF304240.1|CF304240
EST:     CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTG                         GTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
genomic: CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTGgtaagttcga ... ttttgtatagGTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
EST: gi|58696224|gb|CK084911.1|CK084911
EST:     CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTG                         GTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
genomic: CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTGgtaagttcga ... ttttgtatagGTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
EST: gi|29679207|gb|CB675482.1|CB675482
EST:     GCCTTATAGTG                         GTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
genomic: GCCTTATAGTGgtaagttcga ... ttttgtatagGTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
EST: gi|33675052|gb|CF303291.1|CF303291
EST:     CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTG                         GTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
genomic: CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTGgtaagttcga ... ttttgtatagGTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
EST: gi|58692164|gb|CK080851.1|CK080851
EST:     CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGGCATGTGTTCGCCTTATAGTG                         GTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTAACCCAACATCTACTGGA
genomic: CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTGgtaagttcga ... ttttgtatagGTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
EST: gi|58663800|gb|CK052486.1|CK052486
EST:     CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTG                         GTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
genomic: CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTGgtaagttcga ... ttttgtatagGTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
EST: gi|29670550|gb|CB666825.1|CB666825
EST:     CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTG                         GTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA
genomic: CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTGgtaagttcga ... ttttgtatagGTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 54 (downstream exon)
Score: 5

CTGTTAAGCTTTATAACTCAAATGCCATGTGTTCGCCTTATAGTGgtaagttcga ... ttttgtatagGTAATTGGTGGAGACAATGCAAATATGCCATCTACCCCAACATCTACTGGAGTGGAAATTATAATTTACTCCAGACTACTCAACCAG




<











<


<