1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
GTCAACAAGATCTTTGCCGAAAATGCGTTTGATGCTGTTATGCACTTTGCTGCTGTTGCCTATGTGGGTGAGAGTACATTGGAACCCCTTAGgtaagtcattaccttattgacagtttgtcagttccatgagcttgggggacctcttattctactaacccctacagacgttaccattgtacacacccttgtc...
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os08g03570.1 |
intron # | 6 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CACTTTGCTGCTGTTGCCTATGTGGGTGAGAGTACATTGGAACCCCTTAG GTACTATCACAATATTACATCGAACACCTTATTGATTTTGGAGGCTATGGCEST: gi|218499746|gb|FG949515.1|FG949515
genomic: CACTTTGCTGCTGTTGCCTATGTGGGTGAGAGTACATTGGAACCCCTTAGgtaagtcatt ... tatttaacagGTACTATCACAATATTACATCGAACACCTTATTGATTTTGGAGGCTATGGC
EST: CACTTTGCTGCTGTTGCCTATGTGGGTGAGAGTACATTGGAACCCCTTAG GTACTATCACAATATTACATCGAACACCTTATTGATTTTGGAGGCTATGGCEST: gi|29660517|gb|CB656792.1|CB656792
genomic: CACTTTGCTGCTGTTGCCTATGTGGGTGAGAGTACATTGGAACCCCTTAGgtaagtcatt ... tatttaacagGTACTATCACAATATTACATCGAACACCTTATTGATTTTGGAGGCTATGGC
EST: CACTTTGCTGCTGTTGCCTATGTGGGTGAGAGTACATTGGAACCCCTTAG GTACTATCACAATATTACATCGAACACCTTATTGATTTTGGAGGCTATGGCEST: gi|117233153|gb|CT848014.1|CT848014
genomic: CACTTTGCTGCTGTTGCCTATGTGGGTGAGAGTACATTGGAACCCCTTAGgtaagtcatt ... tatttaacagGTACTATCACAATATTACATCGAACACCTTATTGATTTTGGAGGCTATGGC
EST: CACTTTGCTGCTGTTGCCTATGTGGGTGAGAGTACATTGGAACCCCTTAG GTACTATCACAATATTACATCGAACACCTTATTGATTTTGGAGGCTATGGC
genomic: CACTTTGCTGCTGTTGCCTATGTGGGTGAGAGTACATTGGAACCCCTTAGgtaagtcatt ... tatttaacagGTACTATCACAATATTACATCGAACACCTTATTGATTTTGGAGGCTATGGC
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GTCAACAAGATCTTTGCCGAAAATGCGTTTGATGCTGTTATGCACTTTGCTGCTGTTGCCTATGTGGGTGAGAGTACATTGGAACCCCTTAGgtaagtcattaccttattgacagtttgtcagttccatgagcttgggggacctcttattctactaacccctacagacgttaccattgtacacacccttgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gggggac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cccctac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cacaccc