Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gagtaactgatgagctcatgggctgtaatgcttacttaaatcaaaatggcctatggctaagcttccttttgctcactcctgttgttgatctttgttgtagGGTGTTTATGGGTACCCTATTGAGATTCAAGCCCTGTTCTTTATGGCACTAAGGTGTGCTCTTCAATTGCTTAAGCATGATAACGAAGGGAAAGAGTTTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g34560.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g34560.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G170842_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
gagtaactgatgagctcatgggctgtaatgcttacttaaatcaaaatggcctatgg---ctaagcttccttttgctcactcctgttgttgatctttgttgtagGGTGTTTATGGGTACCCTATTGAGATTCAAGCCCTGTTCTTTATGGCACTAAGGTGTGCTCTTCAATTGCTTAAGCATGATAACGAAGGGAAAGAGTTTG
   |  ||||| | ||  ||      ||||      ||  |  |||||   | ||    |||| |   ||| || |   || | |||||  ||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| || ||||
--atctctgatta-cttgtgattgtgaatgtaattgtagtttgaaatgctgtttgatttctaaccgagcttatgtttgttcttattgttattcttacttgtagGGTGTATATGGCTACCCTATTGAGATTCAAGCCCTTTTCTTTATGGCACTAAGGTGTGCTCTTCAAATGCTTAAGCATGATAATGAAGGGAAGGAATTTG

upper sequence: LOC_Os02g34560.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G118737_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 2
-gagtaactgatgagctcatgggctgtaatgcttacttaaatcaaaatggcctatggctaagcttccttttgctcac-tcctgttgttgatctttgttgtagGGTGTTTATGGGTACCCTATTGAGATTCAAGCCCTGTTCTTTATGGCACTAAGGTGTGCTCTTCAATTGCTTAAGCATGATAACGAAGGGAAAGAGTTTG
  | |  ||  | | ||  ||   || |||  ||| ||   | |   ||   |     |    |||    ||  |   |  | ||||   ||||  ||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||
ccaatctctagtta-cttgtgaa-tgcaattgttaattttcttagcttgaaatgctatttgatttctaactgagcttatgttattgtcattcttacttgcagGGTGTATATGGCTACCCTATTGAGATTCAGGCCCTTTTCTTTATGGCACTAAGGTGTGCTCTTCAAATGCTTAAGCATGATAATGAAGGGAAGGAGTTTG

upper sequence: LOC_Os02g34560.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 2
lower sequence: AT1G35580.3 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 3
gagtaactgatgagctcatgggctgtaatgcttacttaaatcaaaatg--gcctatggctaagcttcctttt----gctcactcctgttgttgatctttgttgtagGGTGTTTATGGGTACCCTATTGAGATTCAAGCCCTGTTCTTTATGGCACTAAGGTGTGCTCTTCAATTGCTTAAGCATGATAACGAAGGGAAAGAGTTTG
                 ||     | |||  ||  |  || |  | ||  |  | | | |  | ||   | |      | | | || || ||     |  ||| |||||||||||||||| || |||||||| |||||  ||||||| |||||  | || | |||| |     || | ||||  |||   || || | |||| |  
---------------gtattaaaagcaatctttgatcgaaactgattgttgtttcttgttttgtttggctattaagattgatttcttttttttcctgtatttgaagGGTGTTTATGGGTATCCCATTGAGATCCAAGCGTTGTTCTTCATGGCTTTGAGATCTGCTTTGTCGATGTTAAAGCCCGATGGAGATGGCAGAGAGGTCA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29681764|gb|CB678039.1|CB678039
EST:     TCCCAACATTGCTGTGTGCAGACGGTTGCTGCATGATAGATCGCAGAATG                         GGTGTTTATGGGTACCCTATTGAGATTCAAGCCCTGTTCTTTATGGCACTA
genomic: TCCCAACATTGCTGTGTGCAGACGGTTGCTGCATGATAGATCGCAGAATGgtaaacttta ... tttgttgtagGGTGTTTATGGGTACCCTATTGAGATTCAAGCCCTGTTCTTTATGGCACTA
EST: gi|29632226|gb|CB637235.1|CB637235
EST:     TCCCAACATTGCTGTGTGCAGACGGTTGCTGCATGATAGATCGCAGAATG                         GGTGTTTATGGGTACCCTATTGAGATTCAAGCCCTGTTCTTTATGGCACTA
genomic: TCCCAACATTGCTGTGTGCAGACGGTTGCTGCATGATAGATCGCAGAATGgtaaacttta ... tttgttgtagGGTGTTTATGGGTACCCTATTGAGATTCAAGCCCTGTTCTTTATGGCACTA
EST: gi|58655076|gb|CK043756.1|CK043756
EST:     TCCCAACATTGCTTTGTGCAGACGGTTGCTGCATGATAGATCGCAGAATG                         GGTGTTTATGGGTACCCTATTGAGATTCAAGCCCTTTTCTTTATGGCACTA
genomic: TCCCAACATTGCTGTGTGCAGACGGTTGCTGCATGATAGATCGCAGAATGgtaaacttta ... tttgttgtagGGTGTTTATGGGTACCCTATTGAGATTCAAGCCCTGTTCTTTATGGCACTA
EST: gi|58665870|gb|CK054556.1|CK054556
EST:     TCCCAACATTGCTTTGTGCAGACGGTTGCTGCATGATAGATCGCAGAATG                         GGTGTTTATGGGTACCCTATTGAG
genomic: TCCCAACATTGCTGTGTGCAGACGGTTGCTGCATGATAGATCGCAGAATGgtaaacttta ... tttgttgtagGGTGTTTATGGGTACCCTATTGAG
EST: gi|218499404|gb|FG963728.1|FG963728
EST:     TCCCAACATTGCTGTGTGCAGACGGTTGCTGCATGATAGATCGCAGAATG                         GGTGTTTATGGGTACCCTATTGAGATTCAAGCCCTTTTCTTTATGGCACTA
genomic: TCCCAACATTGCTGTGTGCAGACGGTTGCTGCATGATAGATCGCAGAATGgtaaacttta ... tttgttgtagGGTGTTTATGGGTACCCTATTGAGATTCAAGCCCTGTTCTTTATGGCACTA
EST: gi|29681981|gb|CB678256.1|CB678256
EST:     TCCCAACATTGCTGTGTGCAGACGGTTGCTGCATGATAGATCGCAGAATG                         GGTGTTTATGGGTACCCTATTGAGATTCAAGCCCTGTTCTTTATGGCACTA
genomic: TCCCAACATTGCTGTGTGCAGACGGTTGCTGCATGATAGATCGCAGAATGgtaaacttta ... tttgttgtagGGTGTTTATGGGTACCCTATTGAGATTCAAGCCCTGTTCTTTATGGCACTA
EST: gi|66928205|gb|CX115053.1|CX115053
EST:     GATAGATCGCAGAATG                         GGTGTTTATGGGTACCCTATTGAGATTCAAG-CCTTTTCTTTATGGCACTA
genomic: GATAGATCGCAGAATGgtaaacttta ... tttgttgtagGGTGTTTATGGGTACCCTATTGAGATTCAAGCCCTGTTCTTTATGGCACTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atggcctatggctaagcttccttttgctcactcctgttgttgatctttgttgtagGGTGTTTATGGGTACCCTATTGAGATTCAAGCCCTGTTCTTTATGGCACTAAGGTGTGCTCTTCAATTGCTTAAGCATGATAACGAAGGGAAAGAGTTTG
                                           tctttgtt  CT-rich tract