1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...tggaagatagatctgaattggtcttatgaatatgggttccactgtttactttctaatgaaatatactttatatgcttgctaaaacttatttttattttagAGCCCCTTCAAACGCATATGGTCAAGCAGCATCAAATCTATTGTCGGGAAGCAATCTTGACACTACGATTAACCAGCTGATGGAAATGGGTGGTGGCAGT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os02g08300.2 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGTTGCACCTACAAGAACACCCCAGCCCGAAAGGCCACCTGCGGA AGCCCCTTCAAACGCATATGGTCAAGCAGCATCAAATCTATTGTCGGGAAGEST: gi|58680913|gb|CK069600.1|CK069600
genomic: AGTTGCACCTACAAGAACACCCCAGCCCGAAAGGCCACCTGCGGAgtatgtttcc ... tttattttagAGCCCCTTCAAACGCATATGGTCAAGCAGCATCAAATCTATTGTCGGGAAG
EST: AGTTGCACCTACAAGAACACCCCAGCCCGAAAGGGCACCTGCGGA AGCCCCTTCAAACGCATATTGTCAAGCAGCATCAAATCTATTGTCGGGAAG
genomic: AGTTGCACCTACAAGAACACCCCAGCCCGAAAGGCCACCTGCGGAgtatgtttcc ... tttattttagAGCCCCTTCAAACGCATATGGTCAAGCAGCATCAAATCTATTGTCGGGAAG
ttactttctaatgaaatatactttatatgcttgctaaaacttatttttattttagAGCCCCTTCAAACGCATATGGTCAAGCAGCATCAAATCTATTGTCGGGAAGCAATCTTGACACTACGATTAACCAGCTGATGGAAATGGGTGGTGGCAGT
tgctaaa putative branch site (score: 8)
cttatttttatttt CT-rich tract
ttgctaaaacttattt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tggaagatagatctgaattggtcttatgaatatgggttccactgtttactttctaatgaaatatactttatatgcttgctaaaacttatttttattttagAGCCCCTTCAAACGCATATGGTCAAGCAGCATCAAATCTATTGTCGGGAAGCAATCTTGACACTACGATTAACCAGCTGATGGAAATGGGTGGTGGCAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - cttatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcttgc