Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...acttgtacaatatggttacacctttttatggactttctgtggtagtacgtgtgcattactccggtattcatttgcactcgcctgcttcctgatgatacagGGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGTCACACCTGAAGAGCAAGAGGCGATTGGACGG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os02g08300.2
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os02g08300.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 10
lower sequence: GRMZM2G143462_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 9
-------------------acttgtacaatatggttacacctttttatggactttctgtggtagtacg----tgtgcattactccggta----------ttcatttgcactcgcctgcttcctgatgatac--agGGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGTCACACCTGAAGAGCAAGAGGCGATTGGACGG
                   | |  |  | |||  || | | || || | |  | | | || |  | |     |||  | |  |    ||          |   |||   |  ||| | |||||    |||   ||||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||| | || | ||| ||||| || ||||| ||||| |||||||||
gtaagcattctcttatttgattaatttactatt-ttcccctttgttttcggttatgtctgcttcttcacctctgtttactgattttataaatatatatctcttttttttcctgcccgtttcctcgaaatatctagGGATTTCTTAGACCAACCTGAGGAGGATGAAATGCCTCATGCCATTAGTGTTACACCAGAGGAGCAGGAGGCCATTGGACGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88967884|gb|CI098126.1|CI098126
EST:     CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGG                         GGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
genomic: CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGGgtatgaactg ... gatgatacagGGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
EST: gi|40486995|gb|BX898244.1|BX898244
EST:     CATGATGAATTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGAT-G                         GGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
genomic: CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGGgtatgaactg ... gatgatacagGGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
EST: gi|88976735|gb|CI257507.1|CI257507
EST:     CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGG                         GGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
genomic: CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGGgtatgaactg ... gatgatacagGGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
EST: gi|89168138|gb|CI109342.1|CI109342
EST:     GAGCCCTTTGATGGTGCTGATGG                         GGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
genomic: GAGCCCTTTGATGGTGCTGATGGgtatgaactg ... gatgatacagGGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
EST: gi|88980844|gb|CI022534.1|CI022534
EST:     CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGG                         GGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
genomic: CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGGgtatgaactg ... gatgatacagGGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
EST: gi|66923978|gb|CX110826.1|CX110826
EST:     CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGG                         GGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
genomic: CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGGgtatgaactg ... gatgatacagGGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
EST: gi|88966384|gb|CI119519.1|CI119519
EST:     CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGG                         GGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
genomic: CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGGgtatgaactg ... gatgatacagGGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
EST: gi|88991630|gb|CI019808.1|CI019808
EST:     CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGG                         GGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
genomic: CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGGgtatgaactg ... gatgatacagGGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
EST: gi|27547445|gb|CA765529.2|CA765529
EST:     CNTGANGNGNTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGG                         GGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
genomic: CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGGgtatgaactg ... gatgatacagGGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
EST: gi|58676620|gb|CK065307.1|CK065307
EST:     CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGG                         GGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
genomic: CATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGGgtatgaactg ... gatgatacagGGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
EST: gi|86490031|gb|CI132664.1|CI132664
EST:     AAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGG                         GGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT
genomic: AAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGGgtatgaactg ... gatgatacagGGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 59 (upstream exon), 64 (downstream exon)
Score: 22

AGGAACTGAGCAAGAAGAATCCTCAACTTCTGAGGTTGATTCAGGAGAACCATGATGAGTTCCTTCAGTTAATAAATGAGCCCTTTGATGGTGCTGATGGgtatgaactg ... gatgatacagGGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGTCACACCTGAAGAGCAAGAGGCGATTGGACGG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tacgtgtgcattactccggtattcatttgcactcgcctgcttcctgatgatacagGGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGTCACACCTGAAGAGCAAGAGGCGATTGGACGG
                                         tcctgat  putative branch site (score: 22)
                                       cttcctg  CT-rich tract
                   tattcattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
acttgtacaatatggttacacctttttatggactttctgtggtagtacgtgtgcattactccggtattcatttgcactcgcctgcttcctgatgatacagGGACTTCTTAGACCAACCTGACCAGGATGAGATGCCCCATTCTATCAATGTCACACCTGAAGAGCAAGAGGCGATTGGACGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - ctttctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgcatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - catttgc