Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatggtagcccatctgcactcttcctctaggtttctgtcttccattggtacctggctgctgacattctctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATAATCATCCCAGACCCTACCCCTCAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g71590.1
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58600749|gb|CK011277.1|CK011277
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTNGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGGCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88406306|gb|CI596433.1|CI596433
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACA
EST: gi|29680926|gb|CB677201.1|CB677201
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|58604063|gb|CK014591.1|CK014591
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88361566|gb|CI605347.1|CI605347
EST:     CCCGCCCTTTTTTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGGTGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88357235|gb|CI616122.1|CI616122
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88356752|gb|CI619238.1|CI619238
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGA
EST: gi|88357291|gb|CI622140.1|CI622140
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88399228|gb|CI618418.1|CI618418
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATAT
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATAT
EST: gi|88422035|gb|CI611655.1|CI611655
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88729493|gb|CI753003.1|CI753003
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|58658388|gb|CK047068.1|CK047068
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|58663381|gb|CK052067.1|CK052067
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAATATAAAAAATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88350901|gb|CI620561.1|CI620561
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGGCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88301553|gb|CI597246.1|CI597246
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|29655883|gb|CB652158.1|CB652158
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88373323|gb|CI614659.1|CI614659
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|58669703|gb|CK058389.1|CK058389
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88359595|gb|CI621126.1|CI621126
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88341910|gb|CI643054.1|CI643054
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATA
EST: gi|58668871|gb|CK057557.1|CK057557
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|33673283|gb|CF301522.1|CF301522
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|117240086|gb|CT848247.1|CT848247
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88300596|gb|CI587400.1|CI587400
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88695274|gb|CI739312.1|CI739312
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88351158|gb|CI623380.1|CI623380
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|58683986|gb|CK072673.1|CK072673
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAATATAAAAAATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88402838|gb|CI613286.1|CI613286
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|396941553|gb|HO188762.1|HO188762
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88405812|gb|CI609711.1|CI609711
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88727250|gb|CI750905.1|CI750905
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTC
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTC
EST: gi|58663657|gb|CK052343.1|CK052343
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88434198|gb|CI589263.1|CI589263
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|58655266|gb|CK043946.1|CK043946
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88328388|gb|CI651402.1|CI651402
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATA
EST: gi|88423769|gb|CI617121.1|CI617121
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATA
EST: gi|88745414|gb|CI768774.1|CI768774
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|58667427|gb|CK056113.1|CK056113
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|58674390|gb|CK063076.1|CK063076
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|58661318|gb|CK049998.1|CK049998
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAG                         TGGGTTAAAATACAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATAT
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATA-AAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATAT
EST: gi|88300028|gb|CI580089.1|CI580089
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTC-TTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88406465|gb|CI598958.1|CI598958
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88371341|gb|CI600189.1|CI600189
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAA
EST: gi|33676592|gb|CF304831.1|CF304831
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88354687|gb|CI613965.1|CI613965
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88362485|gb|CI623825.1|CI623825
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88294140|gb|CI667114.1|CI667114
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCT
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCT
EST: gi|88398580|gb|CI598545.1|CI598545
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAG                         TGGGTTAGAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88294643|gb|CI602363.1|CI602363
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGGTGGTGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88405905|gb|CI591300.1|CI591300
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGA
EST: gi|88421803|gb|CI621447.1|CI621447
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88361001|gb|CI625307.1|CI625307
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTGTGATTTGGATCAGGGTGATGAG                         TGGGTTAAA-TAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88315686|gb|CI617159.1|CI617159
EST:     CC-GCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGT
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGT
EST: gi|58658133|gb|CK046813.1|CK046813
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88358682|gb|CI649231.1|CI649231
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAAT
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAAT
EST: gi|88316868|gb|CI624310.1|CI624310
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGGCAAGTCCTTAAGAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|33676340|gb|CF304579.1|CF304579
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88397281|gb|CI580791.1|CI580791
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|58660697|gb|CK049377.1|CK049377
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|88336970|gb|CI627050.1|CI627050
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
EST: gi|58676608|gb|CK065295.1|CK065295
EST:     CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGATGAG                         TGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA
genomic: CCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 74 (upstream exon), 57 (downstream exon)
Score: 25

TGTTGGTAAAGGTAAAGAAGATGGAGCAACCGTAGATAACATGGACCCGTCCCGCCCTTTTCTAGTTATCAAGAAGTCTGATTTGGATAAGGCTGGTGAGgtatggtagc ... tctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATAATCATCCCAGACCCTACCCCTCAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcctctaggtttctgtcttccattggtacctggctgctgacattctctcttccagTGGGTTAAAATAAAATATGCTTGGATGGCCAAGTCCTTAACAAATGATATAATCATCCCAGACCCTACCCCTCAG
                                  tgctgac  putative branch site (score: 25)
                                        cattctctcttcc  CT-rich tract