1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
GGTCGACAGGCCCAATGTCTACATAAAGATCCCTGCTACCGCAGAATGTGTTCCTTCTATCAAGGAAGTTATTGCTAATGGCATTAGTGTCAACGTCACAgtaagtcctgattcctagtatttccattgttttttttccaccttagtcattatcagctgtgctgtgtttatttgactgctcaagacatacaaccgctgagcttgccataacccttgatgctaagcttgttgataacaaattcattgcttgtcgctgcag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g70170.1 |
intron # | 3 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: TTCCTTCTATCAAGGAAGTTATTGCTAATGGCATTAGTGTCAACGTCACA CTTATCTTCTCGATTGCGAGATACGAGGCTGTGATTGATGCTTACATTGATEST: gi|27554160|gb|CA998060.1|CA998060
genomic: TTCCTTCTATCAAGGAAGTTATTGCTAATGGCATTAGTGTCAACGTCACAgtaagtcctg ... gtcgctgcagCTTATCTTCTCGATTGCAAGATACGAGGCTGTGATTGATGCTTACATTGAT
EST: TTCCTTCTATCAAGGAAGTTATTGCTAATGGCATTAGTGTCAACGTCACA CTTATCTTCTCGATTGCAAGATACGAGGCTGTGATTGATGCTTACATTGATEST: gi|5005432|gb|AU070594.1|AU070594
genomic: TTCCTTCTATCAAGGAAGTTATTGCTAATGGCATTAGTGTCAACGTCACAgtaagtcctg ... gtcgctgcagCTTATCTTCTCGATTGCAAGATACGAGGCTGTGATTGATGCTTACATTGAT
EST: TTCCTTCTATCAAGGAAGTTATTGCTAATGGCATTAGTGTCAACGTCACA CTTATCTTCTCGATTGCAAGATACGAGGCTGTGATTGATGCTTACATTGATEST: gi|58611405|gb|CK039117.1|CK039117
genomic: TTCCTTCTATCAAGGAAGTTATTGCTAATGGCATTAGTGTCAACGTCACAgtaagtcctg ... gtcgctgcagCTTATCTTCTCGATTGCAAGATACGAGGCTGTGATTGATGCTTACATTGAT
EST: TTCCTTCTATCAAGGAAGTTATTGCTAATGGCATTAGTGTCAACGTCACA CTTATCTTCTCGATTGCAAGATACGAGGCTGTGATTGATGCTTACATTGATEST: gi|38476332|gb|CF960465.1|CF960465
genomic: TTCCTTCTATCAAGGAAGTTATTGCTAATGGCATTAGTGTCAACGTCACAgtaagtcctg ... gtcgctgcagCTTATCTTCTCGATTGCAAGATACGAGGCTGTGATTGATGCTTACATTGAT
EST: TTCCTTCTATCAAGGAAGTTATTGCTAATGGCATTAGTGTCAACGTCACA CTTATCTTCTCGATTGCAAGATACGAGGCTGTGATTGATGCTTACATTGATEST: gi|29688089|gb|CB684364.1|CB684364
genomic: TTCCTTCTATCAAGGAAGTTATTGCTAATGGCATTAGTGTCAACGTCACAgtaagtcctg ... gtcgctgcagCTTATCTTCTCGATTGCAAGATACGAGGCTGTGATTGATGCTTACATTGAT
EST: TTCCTTCTATCAAGGAAGTTATTGCTAATGGCATTAGTGTCAACGTCACA CTTATCTTCTCGATTGCAAGATACGAGGCTGTGATTGATGCTTACATTGATEST: gi|33693591|gb|CF321830.1|CF321830
genomic: TTCCTTCTATCAAGGAAGTTATTGCTAATGGCATTAGTGTCAACGTCACAgtaagtcctg ... gtcgctgcagCTTATCTTCTCGATTGCAAGATACGAGGCTGTGATTGATGCTTACATTGAT
EST: TTCCTTCTATCAAGGAAGTTATTGCTAATGGCATTAGTGTCAACGTCACA CTTATCTTCTCGATTGCAAGATACGAGGCTGTGATTGATGCTTACATTGATEST: gi|88745334|gb|CI768694.1|CI768694
genomic: TTCCTTCTATCAAGGAAGTTATTGCTAATGGCATTAGTGTCAACGTCACAgtaagtcctg ... gtcgctgcagCTTATCTTCTCGATTGCAAGATACGAGGCTGTGATTGATGCTTACATTGAT
EST: TTCCTTCTATCAAGGAAGTTATTGCTAATGGCATTAGTGTCAACGTCACA CTTATCTTCTCGATTGCAAGATACGAGGCTGTGATTGATGCTTACATTGAT
genomic: TTCCTTCTATCAAGGAAGTTATTGCTAATGGCATTAGTGTCAACGTCACAgtaagtcctg ... gtcgctgcagCTTATCTTCTCGATTGCAAGATACGAGGCTGTGATTGATGCTTACATTGAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| GGTCGACAGGCCCAATGTCTACATAAAGATCCCTGCTACCGCAGAATGTGTTCCTTCTATCAAGGAAGTTATTGCTAATGGCATTAGTGTCAACGTCACAgtaagtcctgattcctagtatttccattgttttttttccaccttagtcattatcagctgtgctgtgtttatttgactgctcaagacatacaaccgctgagcttgccataacccttgatgctaagcttgttgataacaaattcattgcttgtcgctgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA