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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTTCTCCAAAAGAAAGAGCAATCCACTGGGTTGAGTTCTTCTCTTATTTCAAACCACAGCATATTAAGGCTTTGCACATCATCTTTTCTCTGAAAAGAAGgtacatacagtcatatccgtagcatacaatatgtagatgcagtagattctgttattcatggtcatgctgaaaaatattacttttag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g64900.1
intron # 9
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g64900.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 9
lower sequence: GRMZM2G087619_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 10
TTTCTCCAAAAGAAAGAGCAATCCACTGGGTTGAGTTCTTCTCTTATTTCAAACCACAGCATATTAAGGCTTTGCACATCATCTTTTCTCTGAAAAGAAGgtacatacagtcatatccgtagcatacaatatgtagatgcagtagattctgttattcatggtcatgctgaa-aaatattacttttag
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TTTCTCCAAAAGAGAGGGCGACCCATTGGATTGCGTTCTTTTCTTATTTCAAACCAGAACATATTAAGGCTTTGAACATCATTTTTTCTCAGAAGAGACGgtagata--------tctaacacacatagtatttaagtgc--tagacaccaccact-----tgatgctgaagaaactttacttttag
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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TTTCTCCAAAAGAAAGAGCAATCCACTGGGTTGAGTTCTTCTCTTATTTCAAACCACAGCATATTAAGGCTTTGCACATCATCTTTTCTCTGAAAAGAAGgtacatacagtcatatccgtagcatacaatatgtagatgcagtagattctgttattcatggtcatgctgaaaaatattacttttag

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