1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
...tagcacagtactaacaatgccagtcatgcgacaactggcgctaagctgctaataggactgatgaagctctaacatgatatatcgcctttccccttttaagCATGGTATAATGATAACAAAGGAAGAGCTATATGCCCGTTTAAATGAAGAGATGGAAGACATCAATCAGGACATTACG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g56350.3 |
intron # | 6 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTCCAGAATTTCATGAGCCTACACCTGAAGTTGTACCTTACTTGATGGNG CATGGTATAATGATAACAAAGGA
genomic: GTCCAGAATTTCATGAGCCTACACCTGAAGTTGTACCTTACTTGATGGAGgtatgtcgta ... cccttttaagCATGGTATAATGATAACAAAGGA
ctgctaataggactgatgaagctctaacatgatatatcgcctttccccttttaagCATGGTATAATGATAACAAAGGAAGAGCTATATGCCCGTTTAAATGAAGAGATGGAAGACATCAATCAGGACATTACG
ctctaac putative branch site (score: 2)
tatcgcctttcccctt putative PPT
atgatatat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tagcacagtactaacaatgccagtcatgcgacaactggcgctaagctgctaataggactgatgaagctctaacatgatatatcgcctttccccttttaagCATGGTATAATGATAACAAAGGAAGAGCTATATGCCCGTTTAAATGAAGAGATGGAAGACATCAATCAGGACATTACG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA