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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCATGGCGCCGCAGGCCACCGCCCAGACTGTTCCTCGCCCCCTCCAGTCCTTGgtaactcctcccccatcggaatgcccgagaaaattgctgaaattttaccgcgttcccgtgctcccagttgtcatgggtgctgagtatttttttattttgatttgtgtttggtgcgtgcgcag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g56350.3
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29667324|gb|CB663599.1|CB663599
EST:     TGGCGCCGCAGGCCACCGCCCAGACTGTTCCTCGCCCCCTCCAGTCCTTG                         AAGGTGTTTGCTGGATTGCCTCACCGGAGAAGGGTGCTGTTTTCTGGTGTG
genomic: TGGCGCCGCAGGCCACCGCCCAGACTGTTCCTCGCCCCCTCCAGTCCTTGgtaactcctc ... gcgtgcgcagAAGGTGTTTGCTGGATTGCCTCACCGGAGAAGGGTGCTGTTTTCTGGTGTG
EST: gi|25798528|gb|CA754489.1|CA754489
EST:     TGGCACCGCAGGCCACCGCCCAGACTGTTCCTCGCCCCCTCCAGTCCTTG                         AAGGTGTTTGCTGGATTGCCTCACCGGAGAAGGGTGCTGTTTTCTGGTGTG
genomic: TGGCGCCGCAGGCCACCGCCCAGACTGTTCCTCGCCCCCTCCAGTCCTTGgtaactcctc ... gcgtgcgcagAAGGTGTTTGCTGGATTGCCTCACCGGAGAAGGGTGCTGTTTTCTGGTGTG
EST: gi|88324314|gb|CI566127.1|CI566127
EST:     TGGCGCCGCAGGCCACCGCCCAGACTGTTCCTCGCCCCCTCCAGTCCTTG                         AAGGTGTTTGCTGGATTGCCTCACCGGAGAAGGGTGCTGTTTTCTGGTGTG
genomic: TGGCGCCGCAGGCCACCGCCCAGACTGTTCCTCGCCCCCTCCAGTCCTTGgtaactcctc ... gcgtgcgcagAAGGTGTTTGCTGGATTGCCTCACCGGAGAAGGGTGCTGTTTTCTGGTGTG
EST: gi|88300573|gb|CI587377.1|CI587377
EST:     TGGCGCCGCAGGCCACCGCCCAGACTGTTCCTCGCCCCCTCCAGTCCTTG                         AAGGTGTTTGCTGGATTGCCTCACCGGAGAAGGGTGCTGTTTTCTGGTGTG
genomic: TGGCGCCGCAGGCCACCGCCCAGACTGTTCCTCGCCCCCTCCAGTCCTTGgtaactcctc ... gcgtgcgcagAAGGTGTTTGCTGGATTGCCTCACCGGAGAAGGGTGCTGTTTTCTGGTGTG
EST: gi|88358075|gb|CI605000.1|CI605000
EST:     TGGCGCCGCAGGCCACCGCCCAGACTGTTCCTCGCCCCCTCCAGTCCTTG                         AAGGTGTTTGCTGGATTGCCTCACCGGAGAAGGGTGCTGTTTTCTGGTGTG
genomic: TGGCGCCGCAGGCCACCGCCCAGACTGTTCCTCGCCCCCTCCAGTCCTTGgtaactcctc ... gcgtgcgcagAAGGTGTTTGCTGGATTGCCTCACCGGAGAAGGGTGCTGTTTTCTGGTGTG
EST: gi|88370900|gb|CI595012.1|CI595012
EST:     TGGCGCCGCAGGCCACCGCCCAGACTGTTCCTCGCCCCCTCCAGTCCTTG                         AAGGTGTTTGCTGGATTGCCTCACCGGAGAAGGGTGCTGTTTTCTGGTGTG
genomic: TGGCGCCGCAGGCCACCGCCCAGACTGTTCCTCGCCCCCTCCAGTCCTTGgtaactcctc ... gcgtgcgcagAAGGTGTTTGCTGGATTGCCTCACCGGAGAAGGGTGCTGTTTTCTGGTGTG
EST: gi|66921825|gb|CX108673.1|CX108673
EST:     TGGCGCCGCAGGCCACCGCCCAGACTGTTCCTCGCCCCCTCCAGTCCTTG                         AAGGTGTTTGCTGGATTGCCTCACCGGAGAAGGGTGCTGTTTTCTGGTGTG
genomic: TGGCGCCGCAGGCCACCGCCCAGACTGTTCCTCGCCCCCTCCAGTCCTTGgtaactcctc ... gcgtgcgcagAAGGTGTTTGCTGGATTGCCTCACCGGAGAAGGGTGCTGTTTTCTGGTGTG
EST: gi|88729927|gb|CI753148.1|CI753148
EST:     TGGCGCCGCAGGCCACCGCCCAGACTGTTCCTCGCCCCCTCCAGTCCTTG                         AAGGTGTTTGCTGGATTGCCTCNAC-GGAGAAGGGTGCTGTTTTCTGGTGT
genomic: TGGCGCCGCAGGCCACCGCCCAGACTGTTCCTCGCCCCCTCCAGTCCTTGgtaactcctc ... gcgtgcgcagAAGGTGTTTGCTGGATTGCCTC-ACCGGAGAAGGGTGCTGTTTTCTGGTGT
EST: gi|88696544|gb|CI740119.1|CI740119
EST:     TGGCGCCGCAGGCCACCGCCCAGACTGTTCCTCGCCCCCTCCAGTCCTTG                         AAGGTGTTTGCTGGATTGCCTCACCGGAGAAGGGTGCTGTTTTCTGGTGTG
genomic: TGGCGCCGCAGGCCACCGCCCAGACTGTTCCTCGCCCCCTCCAGTCCTTGgtaactcctc ... gcgtgcgcagAAGGTGTTTGCTGGATTGCCTCACCGGAGAAGGGTGCTGTTTTCTGGTGTG
EST: gi|66918856|gb|CX105704.1|CX105704
EST:     TGGCGCCGCAGGCCACCGCCCAGACTGTTCCTCGCCCCCTCCAGTCCTTG                         AAGGTGTTTGCTGGATTGCCTCACCGGAGAAGGGTGCTGTTTTCTGGTGTG
genomic: TGGCGCCGCAGGCCACCGCCCAGACTGTTCCTCGCCCCCTCCAGTCCTTGgtaactcctc ... gcgtgcgcagAAGGTGTTTGCTGGATTGCCTCACCGGAGAAGGGTGCTGTTTTCTGGTGTG