Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttttcaaggatcacagatgactgttttttatttgatatcactgtagagtctttgtccttctgcccttctccatcattgtttatgtaggatgcaattcattatgctatggtttcaggtatttttcttctatcagtagtagtgcttgaaatgtagatctctgtcatacagGTTGAAAGATGGATGGAAAAGCTTGAAGAATCTGAAACTAAGGTTAGGTTGTCAATTAAGGGAACCATCATTAGTATTTCCTTGGTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g44040.3
intron # 6
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|87006678|gb|CI285712.1|CI285712
EST:     ATCGTTATATATGGATTATTGGAATGATCTATGCCTACTTCCATCCAAAT                         GTTGAAAGATGGATGGAAAAGCTTGAAGAATCTGAAACTAAGGTTAGGTTG
genomic: ATCGTTATATATGGATTATTGGAATGATCTATGCCTACTTCCATCCAAATgtaagttttc ... tgtcatacagGTTGAAAGATGGATGGAAAAGCTTGAAGAATCTGAAACTAAGGTTAGGTTG
EST: gi|88721652|gb|CI744951.1|CI744951
EST:     ATCGTTATATATGGATTATTGGAATGATCTATGCCTACTTCCATCCAAAT                         GTTGAAAGATGGATGGAAAAGCTTGAAGAATCTGAAACTAAGGTTAGGTTG
genomic: ATCGTTATATATGGATTATTGGAATGATCTATGCCTACTTCCATCCAAATgtaagttttc ... tgtcatacagGTTGAAAGATGGATGGAAAAGCTTGAAGAATCTGAAACTAAGGTTAGGTTG
EST: gi|29659100|gb|CB655375.1|CB655375
EST:     TTATATATGGATTATGGGAATGATCTATGCCTACTTCCATCCAAAT                         GTTGAAAGATGGATGGAAAAGCTTGAAGAATCTGAAACTAAGGTTAGGTTG
genomic: TTATATATGGATTATTGGAATGATCTATGCCTACTTCCATCCAAATgtaagttttc ... tgtcatacagGTTGAAAGATGGATGGAAAAGCTTGAAGAATCTGAAACTAAGGTTAGGTTG
EST: gi|86502826|gb|CI145459.1|CI145459
EST:     ATCGTTATATATGGATTATTGGAATGATCTATGCCTACTTCCATCCAAAT                         GTTGAAAGATGGATGGAAAAGCTTGAAGAATCTGAAACTAAGGTTAGGTTG
genomic: ATCGTTATATATGGATTATTGGAATGATCTATGCCTACTTCCATCCAAATgtaagttttc ... tgtcatacagGTTGAAAGATGGATGGAAAAGCTTGAAGAATCTGAAACTAAGGTTAGGTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aggtatttttcttctatcagtagtagtgcttgaaatgtagatctctgtcatacagGTTGAAAGATGGATGGAAAAGCTTGAAGAATCTGAAACTAAGGTTAGGTTGTCAATTAAGGGAACCATCATTAGTATTTCCTTGGTG
                                         tctctgtc  CT-rich tract
     tttttctt  TA-rich tract