1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...aactagtgaatatataggtgctatctcgcattttcagcagttagtatgtgataatctattttgtaccagcacacctaatatgggtctgcattttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGCATATGCGTTCCTTTGCAAACATCTGCAATGCTGGCATCTCTGCTGAAG
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g37910.2 |
intron # | 8 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|58692028|gb|CK080715.1|CK080715
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|15851494|gb|BI799770.1|BI799770
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACCATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|51946162|gb|CV152503.1|CV152503
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTG-CTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|29680574|gb|CB676849.1|CB676849
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|58600998|gb|CK011526.1|CK011526
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|29676766|gb|CB673041.1|CB673041
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|4715545|gb|AU056661.1|AU056661
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTC-NTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|66912635|gb|CX099483.1|CX099483
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|86252598|gb|CI003934.1|CI003934
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|88967371|gb|CI002523.1|CI002523
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: ACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|38482190|gb|CF966244.1|CF966244
genomic: ACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|11026370|gb|AU162971.1|AU162971
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG G-ACGCACTTTCGAAGCNCAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|29641856|gb|CB646863.1|CB646863
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|29683221|gb|CB679496.1|CB679496
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|88828298|gb|CI000407.1|CI000407
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|88246967|gb|CI246816.1|CI246816
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: TGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|88198477|gb|CI198327.1|CI198327
genomic: TGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|4715982|gb|AU057098.1|AU057098
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|86250668|gb|CI003786.1|CI003786
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: CTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|4715983|gb|AU057099.1|AU057099
genomic: CTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: CAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAANTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTC-NTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|38478471|gb|CF962604.1|CF962604
genomic: CAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|25803682|gb|CA759643.1|CA759643
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|38476516|gb|CF960649.1|CF960649
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|58682333|gb|CK071020.1|CK071020
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATAGAAEST: gi|58692781|gb|CK081468.1|CK081468
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAAT-GAA
EST: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|2275793|gb|C24770.1|C24770
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: TGCAACTGGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTTCGAAGCACAATGCGGCEST: gi|86858798|gb|CI275052.1|CI275052
genomic: TGCAACTGG-CGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTT-CGAAGCACAATGCGGC
EST: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|87039512|gb|CI194134.1|CI194134
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: CAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|58690733|gb|CK079420.1|CK079420
genomic: CAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|8404467|gb|AU091821.1|AU091821
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|58696195|gb|CK084882.1|CK084882
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|2312973|gb|C29128.1|C29128
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: TGCAACTGGCGAACCTCTTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTTCGAAGNACAATGCGGNTCGGTAGCGCAGTATGGAATGAAEST: gi|88227178|gb|CI228291.1|CI228291
genomic: TGCAACTGGCGAACCTCTT-GTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTT-CGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAA
EST: GTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|29641855|gb|CB646862.1|CB646862
genomic: GTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGEST: gi|86521931|gb|CI162137.1|CI162137
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
EST: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATG GTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
genomic: GTGCAACTGGCGAACCTCTTGTTGATGACTGGAGTTGTCTCAAGTCTATGgtaagccttt ... ttttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAG
atgtgataatctattttgtaccagcacacctaatatgggtctgcattttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGCATATGCGTTCCTTTGCAAACATCTGCAATGCTGGCATCTCTGCTGAAG
acctaat putative branch site (score: 3)
tctgcattttcttc putative PPT
ataatctattttgta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aactagtgaatatataggtgctatctcgcattttcagcagttagtatgtgataatctattttgtaccagcacacctaatatgggtctgcattttcttcagGTACGCACTTTCGAAGCACAATGCGGCTCGCTAGCGCAGTATGGAATGAAGCATATGCGTTCCTTTGCAAACATCTGCAATGCTGGCATCTCTGCTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG