Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcttctccttttcatgccttcgtgcccgttatcttaagatggattgtctgtttctgtttgcaggtcttgaaacttaataaaatatggcttgccttatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAGTATGTTGATTTCTCTACATACACCTTCCACCTTTTCC

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g16970.2
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g16970.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 13
lower sequence: GRMZM2G052875_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 13
gtgcttctccttttcatgccttcgtgcccgttatcttaagatggattgtctgtttctgtttgcaggtcttgaaacttaataaaatatg--gcttgccttatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAGTATGTTGATTTCTCTACATACACCTTCCACCTTTTCC
                             | || ||  |  || ||   ||  ||||||||||||||  | ||    ||     | ||  | ||    | |  | |||||||||||| |||| ||||||| |||||| |||||||  || ||||||||||| ||||||||                                      
--------------------------gtaggtaactctacttgcatgccct--ttctgtttgcaggttctaaattccaaccctttctgttgtttatgctctcgtgcagGTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCTAGCAGATGCGA--------------------------------------

upper sequence: LOC_Os01g16970.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 13
lower sequence: AC213600.3_FGT002 (Zea mays), 3'ss of exon 13
gtgcttctccttttcatgccttcgtgcccgttatcttaagatggattgtctgtttctgtttgcaggtcttgaaacttaataaaatatggcttgccttatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAGTATGTTGATTTCTCTACATACACCTTCCACCTTTTCC
                               ||| |  |  || ||   ||  ||||| ||||||||  | ||   |||     | ||   |      |  | |||||||||||| |||| ||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||                                      
---------------------------gtagtatgtctatctgcatgccct--ttctggttgcaggttctaaattctaactctttctgttgtttacactcgtgcagGTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGATGTAGATGAGCCTAGCAGATGCGA--------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|38481101|gb|CF965190.1|CF965190
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|88371457|gb|CI602635.1|CI602635
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAA
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtttctgtttgcaggtcttgaaacttaataaaatatggcttgccttatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAGTATGTTGATTTCTCTACATACACCTTCCACCTTTTCC
                      acttaat  putative branch site (score: 4)
                                      cttgcctt  putative PPT
               tcttgaaacttaataa  TA-rich tract