Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgatttctctacatacaccttccaccttttcctgaaaatgcacattactctttaacttacatgcctacttcatgtgacag

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g16970.1
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g16970.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G052875_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 14
GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgatttctctacatacaccttccaccttttcctgaaaatgcacattactc--tttaacttacatgcctacttcatgtgacag
||||||||| |||| ||||||| |||||| |||||||  || ||||||||||| |||||||||||||| ||||  |  | ||  | |||| | ||| ||   ||||  | || ||| |  | | |  ||||| | || ||    |  |||
GTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCTAGCAGATGCGAgtatgtggattgatacagattaagcttctatcttctctaaaaaaaccgcagtacaccatcttatatacatacatatttgccattgcag

upper sequence: LOC_Os01g16970.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 14
lower sequence: AC213600.3_FGT002 (Zea mays), 5'ss of exon 14
GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgatttctctacatacaccttccaccttttcctgaaaa---tgcacattactct-ttaacttacatgcctacttcatgtgacag
||||||||| |||| ||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||| || |||| ||    || ||  | ||  ||||     ||||   | | || |||||  |   ||||  | ||||  |  |    |||
GTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGATGTAGATGAGCCTAGCAGATGCGAgtacgtggattgctacggattcaattcccttctttcttaaaaaaaattccgcagtactccatcttcttatttacctatatgctactgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33679534|gb|CF307773.1|CF307773
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33679492|gb|CF307731.1|CF307731
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|29627610|gb|CB632621.1|CB632621
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|86489801|gb|CI132434.1|CI132434
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTAAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|88511531|gb|CI439037.1|CI439037
EST:     CTGAACAATGAAGTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCNCTTTGCNATGAACAAAAACTTAA
genomic: CTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|88262324|gb|CI366098.1|CI366098
EST:     AATGAACTTAAT-GTGTCGATGAGCCTA-TAGATGCGA                         GTATGTGGCTTTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: AATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33681972|gb|CF310211.1|CF310211
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33679522|gb|CF307761.1|CF307761
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33679756|gb|CF307995.1|CF307995
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|29614303|gb|CB619316.1|CB619316
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|218491672|gb|FG963178.1|FG963178
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33679967|gb|CF308206.1|CF308206
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33679350|gb|CF307589.1|CF307589
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|29622278|gb|CB627289.1|CB627289
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33679589|gb|CF307828.1|CF307828
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|29627609|gb|CB632620.1|CB632620
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|86535010|gb|CI175216.1|CI175216
EST:     ACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: ACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|86535807|gb|CI176013.1|CI176013
EST:     CTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: CTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33679903|gb|CF308142.1|CF308142
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33679526|gb|CF307765.1|CF307765
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|89172732|gb|CI022611.1|CI022611
EST:     GGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: GGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33677422|gb|CF305661.1|CF305661
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|88966807|gb|CI366030.1|CI366030
EST:     GTGTCGATGAGCCTAGTATATGCGA                         GTATGGGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTTCGATGAACAAAAAACTGA
genomic: GTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAAC-AAAAACTGA
EST: gi|33680003|gb|CF308242.1|CF308242
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|29627670|gb|CB632681.1|CB632681
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|163925902|gb|EG709650.1|EG709650
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33679947|gb|CF308186.1|CF308186
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|29627671|gb|CB632682.1|CB632682
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 73 (downstream exon)
Score: 15

GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAAG




<











<


<