Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttgatttctctacatacaccttccaccttttcctgaaaatgcacattactctttaacttacatgcctacttcatgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g16970.1
intron # 14
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33679534|gb|CF307773.1|CF307773
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33679492|gb|CF307731.1|CF307731
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|29627610|gb|CB632621.1|CB632621
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|86489801|gb|CI132434.1|CI132434
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTAAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|88511531|gb|CI439037.1|CI439037
EST:     CTGAACAATGAAGTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCNCTTTGCNATGAACAAAAACTTAA
genomic: CTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|88262324|gb|CI366098.1|CI366098
EST:     AATGAACTTAAT-GTGTCGATGAGCCTA-TAGATGCGA                         GTATGTGGCTTTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: AATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33681972|gb|CF310211.1|CF310211
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33679522|gb|CF307761.1|CF307761
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33679756|gb|CF307995.1|CF307995
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|29614303|gb|CB619316.1|CB619316
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|218491672|gb|FG963178.1|FG963178
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33679967|gb|CF308206.1|CF308206
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33679350|gb|CF307589.1|CF307589
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|29622278|gb|CB627289.1|CB627289
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33679589|gb|CF307828.1|CF307828
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|29627609|gb|CB632620.1|CB632620
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|86535010|gb|CI175216.1|CI175216
EST:     ACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: ACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|86535807|gb|CI176013.1|CI176013
EST:     CTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: CTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33679903|gb|CF308142.1|CF308142
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33679526|gb|CF307765.1|CF307765
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|89172732|gb|CI022611.1|CI022611
EST:     GGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: GGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33677422|gb|CF305661.1|CF305661
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|88966807|gb|CI366030.1|CI366030
EST:     GTGTCGATGAGCCTAGTATATGCGA                         GTATGGGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTTCGATGAACAAAAAACTGA
genomic: GTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAAC-AAAAACTGA
EST: gi|33680003|gb|CF308242.1|CF308242
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|29627670|gb|CB632681.1|CB632681
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|163925902|gb|EG709650.1|EG709650
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|33679947|gb|CF308186.1|CF308186
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
EST: gi|29627671|gb|CB632682.1|CB632682
EST:     TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA                         GTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA
genomic: TGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 75 (upstream exon), 73 (downstream exon)
Score: 15

GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGAgtatgttgat ... catgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttttcctgaaaatgcacattactctttaacttacatgcctacttcatgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAAG
                            aacttac  putative branch site (score: 15)
                                      cctacttc  putative PPT
                         tttaactta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgttgatttctctacatacaccttccaccttttcctgaaaatgcacattactctttaacttacatgcctacttcatgtgacagGTATGTGGCTGTATTATCGACTCCAGCGCTTTGCGATGAACAAAAACTGAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG