Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgcttctccttttcatgccttcgtgcccgttatcttaagatggattgtctgtttctgtttgcaggtcttgaaacttaataaaatatggcttgccttatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g16970.1
intron # 13
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os01g16970.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 13
lower sequence: GRMZM2G052875_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 13
gtgcttctccttttcatgccttcgtgcccgttatcttaagatggattgtctgtttctgtttgcaggtcttgaaacttaataaaatatg--gcttgccttatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA
                             | || ||  |  || ||   |  |||||||||||||||  | ||    ||     | ||  | ||    | |  | |||||||||||| |||| ||||||| |||||| |||||||  || ||||||||||| ||||||||
--------------------------gtaggtaactctacttgcatg--ccctttctgtttgcaggttctaaattccaaccctttctgttgtttatgctctcgtgcagGTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGACGTTGATGAGCCTAGCAGATGCGA

upper sequence: LOC_Os01g16970.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 13
lower sequence: AC213600.3_FGT002 (Zea mays), 3'ss of exon 13
gtgcttctccttttcatgccttcgtgcccgttatcttaagatggattgtctgtttctgtttgcaggtcttgaaacttaataaaatatggcttgccttatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA
                               ||| |  |  || ||   |  |||||| ||||||||  | ||   |||     | ||   |      |  | |||||||||||| |||| ||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||
---------------------------gtagtatgtctatctgcatg--ccctttctggttgcaggttctaaattctaactctttctgttgtttacactcgtgcagGTTAGGCTTAGATGTGGGCTGAGCAATGAGCTTAATGATGTAGATGAGCCTAGCAGATGCGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|33679534|gb|CF307773.1|CF307773
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|33679492|gb|CF307731.1|CF307731
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|29627610|gb|CB632621.1|CB632621
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|33681972|gb|CF310211.1|CF310211
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|33679522|gb|CF307761.1|CF307761
EST:     AATTTTCAAATGGATACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|33679756|gb|CF307995.1|CF307995
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|29614303|gb|CB619316.1|CB619316
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|218491672|gb|FG963178.1|FG963178
EST:     AGACAGATGCTGGTAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AGACAGATGCTGG-AATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|33679967|gb|CF308206.1|CF308206
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|33679350|gb|CF307589.1|CF307589
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|29622278|gb|CB627289.1|CB627289
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|33679589|gb|CF307828.1|CF307828
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|29627609|gb|CB632620.1|CB632620
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|88371457|gb|CI602635.1|CI602635
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAA
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAA
EST: gi|33679903|gb|CF308142.1|CF308142
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|33679526|gb|CF307765.1|CF307765
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|33677422|gb|CF305661.1|CF305661
EST:     GCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: GCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|33680003|gb|CF308242.1|CF308242
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|29627670|gb|CB632681.1|CB632681
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|163925902|gb|EG709650.1|EG709650
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|33679947|gb|CF308186.1|CF308186
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
EST: gi|29627671|gb|CB632682.1|CB632682
EST:     AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAG                         GTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT
genomic: AATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 72 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 23

GCGCTGGGACAAATTTGAAGAATCCTACAGAGTAATGCAATTTTCAAATGGAGACAGATGCTGGAATGGCCCTGACCGAAGTCTAAAGgtgcttctcc ... tatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtttctgtttgcaggtcttgaaacttaataaaatatggcttgccttatgatacagGTTAGGCTTCGATGCGGGCTGAACAATGAACTTAATGGTGTCGATGAGCCTAGTAGATGCGA
                      acttaat  putative branch site (score: 23)
                                      cttgcctt  putative PPT
               tcttgaaacttaataa  TA-rich tract