1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
TATTTTTGAAGTTTATGGCCTCAGTCATACCCACTATTGAATATGACTACACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAGgtatgcacaatcctcttataatctggcatgcattctttctatatatatggaacaactacctgtccagttttgctcatggaattgaagggagactacatgtcactcttgaccatgctaccaactgtttgtacactgacgtggatagcaatttgatgttgcgacag
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os01g10290.1 |
intron # | 10 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CCTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAG GAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCAEST: gi|88830849|gb|CI079283.1|CI079283
genomic: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAGgtatgcacaa ... gttgcgacagGAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCA
EST: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAG GAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCAEST: gi|88226114|gb|CI226030.1|CI226030
genomic: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAGgtatgcacaa ... gttgcgacagGAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCA
EST: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAG GAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCAEST: gi|86870218|gb|CI319324.1|CI319324
genomic: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAGgtatgcacaa ... gttgcgacagGAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCA
EST: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAG GAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCAEST: gi|89194317|gb|CI116754.1|CI116754
genomic: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAGgtatgcacaa ... gttgcgacagGAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCA
EST: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAG GAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCAEST: gi|86838969|gb|CI330376.1|CI330376
genomic: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAGgtatgcacaa ... gttgcgacagGAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCA
EST: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAG GAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCAEST: gi|88220871|gb|CI218722.1|CI218722
genomic: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAGgtatgcacaa ... gttgcgacagGAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCA
EST: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAG GAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCAEST: gi|88290160|gb|CI550382.1|CI550382
genomic: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAGgtatgcacaa ... gttgcgacagGAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCA
EST: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAG GAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCAEST: gi|86889035|gb|CI314651.1|CI314651
genomic: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAGgtatgcacaa ... gttgcgacagGAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCA
EST: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAG GAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCAEST: gi|86488895|gb|CI131528.1|CI131528
genomic: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAGgtatgcacaa ... gttgcgacagGAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCA
EST: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAG GAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCAEST: gi|86497450|gb|CI140083.1|CI140083
genomic: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAGgtatgcacaa ... gttgcgacagGAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCA
EST: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAG GAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCAEST: gi|88550813|gb|CI480811.1|CI480811
genomic: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAGgtatgcacaa ... gttgcgacagGAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCA
EST: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAG GAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCAEST: gi|29686213|gb|CB682488.1|CB682488
genomic: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAGgtatgcacaa ... gttgcgacagGAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCA
EST: ACTATGGACTTCGATTTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAG GAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCAEST: gi|87015628|gb|CI277586.1|CI277586
genomic: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAGgtatgcacaa ... gttgcgacagGAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCA
EST: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAG GAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCAEST: gi|88323392|gb|CI553637.1|CI553637
genomic: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAGgtatgcacaa ... gttgcgacagGAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCA
EST: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAG GAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCAEST: gi|88489074|gb|CI426345.1|CI426345
genomic: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAGgtatgcacaa ... gttgcgacagGAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCA
EST: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAG GAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCA
genomic: ACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAGgtatgcacaa ... gttgcgacagGAAAGGGAAAGATCCTGTAGAAGGTGTACCAAGGCTTATCATGGTGCCCCA
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TATTTTTGAAGTTTATGGCCTCAGTCATACCCACTATTGAATATGACTACACTATGGACTTCGATCTGGGCAGCACAAGCAGATGATTTGTTAATTGAAGgtatgcacaatcctcttataatctggcatgcattctttctatatatatggaacaactacctgtccagttttgctcatggaattgaagggagactacatgtcactcttgaccatgctaccaactgtttgtacactgacgtggatagcaatttgatgttgcgacag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG