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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagtaaaagtcccttttcgcctgtcctaatttcatctaaatgatatgtaaaatccatacgcgtgtgattacttttattcaagaacattgacattgctaatcaacattcttttgaacttctcgtttaattgggaatccattcgtttgccttttgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGCCTCTCTTTCTGTTCAATTATAGTAACAGACAATTGCATGGCATTTTCAA

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g07140.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|58668320|gb|CK057006.1|CK057006
EST:     TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTG                         GTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGACTGTTAAACCTGGCTTGC
genomic: TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTGgttagtaaaa ... tgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
EST: gi|88583019|gb|CI699490.1|CI699490
EST:     TTGTTGCAATAACCACACATTCGATGAATGCTTCCCTAAACAGTTATTTG                         GTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
genomic: TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTGgttagtaaaa ... tgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
EST: gi|88588966|gb|CI706813.1|CI706813
EST:     TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTG                         GTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
genomic: TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTGgttagtaaaa ... tgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
EST: gi|88577141|gb|CI673697.1|CI673697
EST:     TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTG                         GTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
genomic: TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTGgttagtaaaa ... tgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
EST: gi|88381640|gb|CI682307.1|CI682307
EST:     TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTG                         GTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
genomic: TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTGgttagtaaaa ... tgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
EST: gi|88582488|gb|CI699903.1|CI699903
EST:     TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTG                         GTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
genomic: TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTGgttagtaaaa ... tgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
EST: gi|29633284|gb|CB638293.1|CB638293
EST:     TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTG                         GTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
genomic: TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTGgttagtaaaa ... tgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
EST: gi|86904066|gb|CI304500.1|CI304500
EST:     TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTG                         GTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
genomic: TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTGgttagtaaaa ... tgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
EST: gi|29633138|gb|CB638147.1|CB638147
EST:     TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTG                         GTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
genomic: TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTGgttagtaaaa ... tgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
EST: gi|88305805|gb|CI633378.1|CI633378
EST:     TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTG                         GTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGCCTTGC
genomic: TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTGgttagtaaaa ... tgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
EST: gi|88571150|gb|CI662523.1|CI662523
EST:     TGTTGCAATAACAACCACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTG                         GTTTGCCTCCACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGCCTTGC
genomic: TGTTGCAATAACAAC-ACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTGgttagtaaaa ... tgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
EST: gi|88449393|gb|CI582265.1|CI582265
EST:     TTGTTGCAATAAAAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTG                         GTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
genomic: TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTGgttagtaaaa ... tgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
EST: gi|88409800|gb|CI571057.1|CI571057
EST:     TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTG                         GTTTGGCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
genomic: TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTGgttagtaaaa ... tgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
EST: gi|88576069|gb|CI670214.1|CI670214
EST:     TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTG                         GTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCCTGC
genomic: TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTGgttagtaaaa ... tgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
EST: gi|88412659|gb|CI690406.1|CI690406
EST:     TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTG                         GTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
genomic: TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTGgttagtaaaa ... tgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
EST: gi|88432686|gb|CI690528.1|CI690528
EST:     TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTG                         GTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
genomic: TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTGgttagtaaaa ... tgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
EST: gi|88585243|gb|CI702860.1|CI702860
EST:     TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTG                         GTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
genomic: TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTGgttagtaaaa ... tgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
EST: gi|88578964|gb|CI687930.1|CI687930
EST:     TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTG                         GTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
genomic: TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTGgttagtaaaa ... tgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
EST: gi|88347365|gb|CI632650.1|CI632650
EST:     TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTG                         GTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCCTGC
genomic: TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTGgttagtaaaa ... tgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
EST: gi|88341488|gb|CI635686.1|CI635686
EST:     TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTG                         GTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
genomic: TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTGgttagtaaaa ... tgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
EST: gi|88851993|gb|CI679551.1|CI679551
EST:     TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTG                         GTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
genomic: TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTGgttagtaaaa ... tgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
EST: gi|88692035|gb|CI735610.1|CI735610
EST:     TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTG                         GTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
genomic: TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTGgttagtaaaa ... tgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
EST: gi|88302595|gb|CI668441.1|CI668441
EST:     TGTTGCAACTAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTG                         GTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
genomic: TGTTGCAA-TAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTGgttagtaaaa ... tgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
EST: gi|88429131|gb|CI690017.1|CI690017
EST:     TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTG                         GTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
genomic: TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTGgttagtaaaa ... tgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
EST: gi|88393996|gb|CI684264.1|CI684264
EST:     TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTG                         GTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
genomic: TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTGgttagtaaaa ... tgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
EST: gi|88355935|gb|CI653345.1|CI653345
EST:     TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTG                         GTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
genomic: TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTGgttagtaaaa ... tgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
EST: gi|58670252|gb|CK058938.1|CK058938
EST:     TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTG                         GTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC
genomic: TTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTGgttagtaaaa ... tgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 64 (upstream exon), 64 (downstream exon)
Score: 8

GAGAACGAGTTCCGTGAGCTCCCGGAAAAGGAGCTAGGAGGGGTGGTCTTTTGTTGCAATAACAACACATTCGATGAATGCTTCACTAAACAGTTATTTGgttagtaaaa ... tgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGCCTCTCTTTCTGTTCAATTATAGTAACAGACAATTGCATGGCATTTTCAA




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 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcttttgaacttctcgtttaattgggaatccattcgtttgccttttgtttgatagGTTTGCCTCAACGCAATATCTTGTATGTGAAGAATGTTAAACCTGGCTTGCCTCTCTTTCTGTTCAATTATAGTAACAGACAATTGCATGGCATTTTCAA
               gtttaat  putative branch site (score: 8)
                                ttcgtttgcctttt  putative PPT
                tttaatt  TA-rich tract