Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTGCTAGCTATAAAGGTCAAGGGAGAATTGCACAGCCTGGCTTCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAGgtaaaataattttctgcagttgcaatggccctgaaatatattaaaaaattatgaccataacattgcttaacaaggttttctttaaccctatttcatgtct...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os01g01790.1
intron # 10
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|29677187|gb|CB673462.1|CB673462
EST:     TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAG                         AGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
genomic: TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAGgtaaaataat ... tcatttgcagAGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
EST: gi|86417374|gb|CI031583.1|CI031583
EST:     TTGGTGCTCAATGGCAAG                         AGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTTCCTGTACAGCGT
genomic: TTGGTGCTCAATGGCAAGgtaaaataat ... tcatttgcagAGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGG-TTTCCTGTACAGCGT
EST: gi|88996852|gb|CI389518.1|CI389518
EST:     TCAAAAATCCCCGGTTGTTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAG                         AGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCTTG
genomic: TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAGgtaaaataat ... tcatttgcagAGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
EST: gi|8856498|gb|AU093816.1|AU093816
EST:     TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAG                         AGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTNCCTGTACAGCGTG
genomic: TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAGgtaaaataat ... tcatttgcagAGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
EST: gi|58692250|gb|CK080937.1|CK080937
EST:     TCAATGGCAAG                         AGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
genomic: TCAATGGCAAGgtaaaataat ... tcatttgcagAGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
EST: gi|86595065|gb|CI260304.1|CI260304
EST:     TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAG                         AGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
genomic: TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAGgtaaaataat ... tcatttgcagAGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
EST: gi|29623733|gb|CB628744.1|CB628744
EST:     TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAG                         AGCACGATCCCACCCCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
genomic: TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAGgtaaaataat ... tcatttgcagAGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
EST: gi|58696013|gb|CK084700.1|CK084700
EST:     TCAAAAATCCCCGGTGGNTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAG                         AGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
genomic: TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAGgtaaaataat ... tcatttgcagAGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
EST: gi|25802741|gb|CA758702.1|CA758702
EST:     TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAG                         AGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
genomic: TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAGgtaaaataat ... tcatttgcagAGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
EST: gi|29624183|gb|CB629194.1|CB629194
EST:     TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAG                         AGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
genomic: TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAGgtaaaataat ... tcatttgcagAGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
EST: gi|29624596|gb|CB629607.1|CB629607
EST:     TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAG                         AGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
genomic: TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAGgtaaaataat ... tcatttgcagAGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
EST: gi|29630522|gb|CB635531.1|CB635531
EST:     TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAG                         AGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
genomic: TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAGgtaaaataat ... tcatttgcagAGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
EST: gi|27921302|gb|CB097110.1|CB097110
EST:     TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAG                         AGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
genomic: TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAGgtaaaataat ... tcatttgcagAGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
EST: gi|29622850|gb|CB627861.1|CB627861
EST:     TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAG                         AGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
genomic: TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAGgtaaaataat ... tcatttgcagAGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
EST: gi|29622533|gb|CB627544.1|CB627544
EST:     TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAG                         AGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
genomic: TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAGgtaaaataat ... tcatttgcagAGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
EST: gi|29617659|gb|CB622671.1|CB622671
EST:     TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAG                         AGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
genomic: TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAGgtaaaataat ... tcatttgcagAGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
EST: gi|86480819|gb|CI123452.1|CI123452
EST:     TCAAAAATCCCCGGTGGTTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAG                         AGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
genomic: TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAGgtaaaataat ... tcatttgcagAGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
EST: gi|22305855|gb|BQ907077.1|BQ907077
EST:     TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAG                         AGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
genomic: TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAGgtaaaataat ... tcatttgcagAGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
EST: gi|86251690|gb|CI018882.1|CI018882
EST:     TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAG                         AGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
genomic: TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAGgtaaaataat ... tcatttgcagAGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
EST: gi|29624598|gb|CB629609.1|CB629609
EST:     TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAG                         AGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
genomic: TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAGgtaaaataat ... tcatttgcagAGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
EST: gi|29669220|gb|CB665495.1|CB665495
EST:     TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAG                         AGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
genomic: TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAGgtaaaataat ... tcatttgcagAGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
EST: gi|87007991|gb|CI296969.1|CI296969
EST:     TTGGTGCTCAATGGCAAG                         AGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
genomic: TTGGTGCTCAATGGCAAGgtaaaataat ... tcatttgcagAGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
EST: gi|15855354|gb|BI808166.1|BI808166
EST:     TC-AAAATCCCCGGT-GGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAG                         AGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
genomic: TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAGgtaaaataat ... tcatttgcagAGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
EST: gi|29621884|gb|CB626895.1|CB626895
EST:     TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAG                         AGCACGATCCCACCCCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
genomic: TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAGgtaaaataat ... tcatttgcagAGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
EST: gi|29625044|gb|CB630055.1|CB630055
EST:     TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAG                         AGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG
genomic: TCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAGgtaaaataat ... tcatttgcagAGCACGATCCCACACCTTGGAGGTGCGGAGCTTGGTTTCCTGTACAGCGTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATTGCTAGCTATAAAGGTCAAGGGAGAATTGCACAGCCTGGCTTCAAAAATCCCCGGTGGGTGGATGGTGAGCTATTGGTGCTCAATGGCAAGgtaaaataattttctgcagttgcaatggccctgaaatatattaaaaaattatgaccataacattgcttaacaaggttttctttaaccctatttcatgtct

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaat