1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
TGCCTTGACAGGACTTGTCTTCAAGGAAGGACTCTGCTATGCCAAGCTTGAAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaacattttcatttctttactcttgtattatttcttttactcattcgctacagaaaaatttgcag
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G39400.1 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTG ACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTEST: gi|7686618|gb|AW757275.1|AW757275
genomic: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaac ... aaatttgcagACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCT
EST: CTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTG ACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATGEST: gi|20813295|gb|BQ297773.1|BQ297773
genomic: CTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaac ... aaatttgcagACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
EST: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTG ACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATGEST: gi|192314494|gb|FK006336.1|FK006336
genomic: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaac ... aaatttgcagACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
EST: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTG ACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATGEST: gi|209699464|gb|BW667650.1|BW667650
genomic: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaac ... aaatttgcagACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
EST: AGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTTGGC-ATCTG ACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTEST: gi|38191377|gb|CF920583.1|CF920583
genomic: AGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTT-GGCCATCTGgtattttaac ... aaatttgcagACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTT
EST: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTG ACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATGEST: gi|22524975|gb|BU083786.1|BU083786
genomic: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaac ... aaatttgcagACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
EST: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTG ACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATGEST: gi|20813455|gb|BQ297933.1|BQ297933
genomic: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaac ... aaatttgcagACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
EST: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTG ACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATGEST: gi|120492033|gb|EH220200.1|EH220200
genomic: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaac ... aaatttgcagACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
EST: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTG ACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATGEST: gi|120534415|gb|EH262548.1|EH262548
genomic: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaac ... aaatttgcagACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
EST: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTG ACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATGEST: gi|5688478|gb|AI941493.1|AI941493
genomic: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaac ... aaatttgcagACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
EST: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTG ACTGGCTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATGEST: gi|17519150|gb|BM188192.1|BM188192
genomic: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaac ... aaatttgcagACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
EST: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTG ACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATGEST: gi|192316445|gb|FK006764.1|FK006764
genomic: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaac ... aaatttgcagACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
EST: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTG ACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATGEST: gi|5819909|gb|AI988176.1|AI988176
genomic: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaac ... aaatttgcagACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
EST: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTG ACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATGEST: gi|120532229|gb|EH260362.1|EH260362
genomic: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaac ... aaatttgcagACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
EST: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTG ACTGGTTTGATGGEST: gi|120494591|gb|EH222758.1|EH222758
genomic: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaac ... aaatttgcagACTGGTTTGATGG
EST: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTG ACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATGEST: gi|209701326|gb|BW655921.1|BW655921
genomic: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaac ... aaatttgcagACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
EST: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTG ACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATGEST: gi|120534422|gb|EH262555.1|EH262555
genomic: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaac ... aaatttgcagACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
EST: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTG ACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
genomic: AAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaac ... aaatttgcagACTGGTTTGATGGATGATGGAGTTAAGCTTACTTTACTTGCTTCGTGGATG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TGCCTTGACAGGACTTGTCTTCAAGGAAGGACTCTGCTATGCCAAGCTTGAAGCTGGACTTCTCACCTTTGTTATTCCCATACTTCTTCTTGGCCATCTGgtattttaacattttcatttctttactcttgtattatttcttttactcattcgctacagaaaaatttgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA