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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TAAAGCTGTCGGAGAAAGCCGACAAGGTTCCTTGGAGGAAACCGTTGTTTATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAGgtgttgtttataatttcatttgattttgaaaaatgtttcttagacaacccttgagagagaaaggaagagatgagaaatgagtgattgatgatgtagcgtgataagaagagagaaaagataattgttggttgagtgtaagaaacttttgtacgtggattcatcatcaattagttaattatgctatgctatggcag

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G39400.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192316444|gb|FK006763.1|FK006763
EST:     ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAG                         GTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
genomic: ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAGgtgttgttta ... gctatggcagGTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
EST: gi|298164949|gb|HO010946.1|HO010946
EST:     ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAG                         GTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
genomic: ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAGgtgttgttta ... gctatggcagGTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
EST: gi|20075939|gb|BQ094722.1|BQ094722
EST:     ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAG                         GTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
genomic: ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAGgtgttgttta ... gctatggcagGTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
EST: gi|298199151|gb|HO042514.1|HO042514
EST:     GTGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAG                         GTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
genomic: ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAGgtgttgttta ... gctatggcagGTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
EST: gi|192314495|gb|FK006337.1|FK006337
EST:     ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAG                         GTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
genomic: ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAGgtgttgttta ... gctatggcagGTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
EST: gi|298198326|gb|HO039865.1|HO039865
EST:     ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAG                         GTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
genomic: ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAGgtgttgttta ... gctatggcagGTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
EST: gi|208336628|gb|GE135956.1|GE135956
EST:     ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAG                         GTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
genomic: ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAGgtgttgttta ... gctatggcagGTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
EST: gi|192314494|gb|FK006336.1|FK006336
EST:     ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAG                         GTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
genomic: ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAGgtgttgttta ... gctatggcagGTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
EST: gi|193579825|gb|FK537756.1|FK537756
EST:     ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAG                         GTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCAT
genomic: ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAGgtgttgttta ... gctatggcagGTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCAT
EST: gi|298167260|gb|HO010699.1|HO010699
EST:     ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAG                         GTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
genomic: ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAGgtgttgttta ... gctatggcagGTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
EST: gi|298173956|gb|HO017292.1|HO017292
EST:     ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAG                         GTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
genomic: ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAGgtgttgttta ... gctatggcagGTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
EST: gi|298168764|gb|HO009694.1|HO009694
EST:     ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAG                         GTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
genomic: ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAGgtgttgttta ... gctatggcagGTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
EST: gi|209699464|gb|BW667650.1|BW667650
EST:     ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAG                         GTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
genomic: ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAGgtgttgttta ... gctatggcagGTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
EST: gi|17519753|gb|BM188795.1|BM188795
EST:     ATGAGGTTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAG                         GTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
genomic: ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAGgtgttgttta ... gctatggcagGTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
EST: gi|15285717|gb|BI469608.1|BI469608
EST:     TTATTGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAG                         GTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
genomic: TGA-GGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAGgtgttgttta ... gctatggcagGTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
EST: gi|298196387|gb|HO041130.1|HO041130
EST:     ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAG                         GTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
genomic: ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAGgtgttgttta ... gctatggcagGTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
EST: gi|298166445|gb|HO009884.1|HO009884
EST:     ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAG                         GTAATTCTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
genomic: ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAGgtgttgttta ... gctatggcagGTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
EST: gi|20813455|gb|BQ297933.1|BQ297933
EST:     GGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAG                         GTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
genomic: GGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAGgtgttgttta ... gctatggcagGTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
EST: gi|209701325|gb|BW655920.1|BW655920
EST:     ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAG                         GTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
genomic: ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAGgtgttgttta ... gctatggcagGTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
EST: gi|120492033|gb|EH220200.1|EH220200
EST:     ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAG                         GTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
genomic: ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAGgtgttgttta ... gctatggcagGTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
EST: gi|298194235|gb|HO040883.1|HO040883
EST:     ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAG                         GTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
genomic: ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAGgtgttgttta ... gctatggcagGTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
EST: gi|192316445|gb|FK006764.1|FK006764
EST:     ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAG                         GTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
genomic: ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAGgtgttgttta ... gctatggcagGTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
EST: gi|120532229|gb|EH260362.1|EH260362
EST:     ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAG                         GTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
genomic: ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAGgtgttgttta ... gctatggcagGTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
EST: gi|120492075|gb|EH220242.1|EH220242
EST:     ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAG                         GTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
genomic: ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAGgtgttgttta ... gctatggcagGTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
EST: gi|213596278|gb|DB961978.1|DB961978
EST:     ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAG                         GTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
genomic: ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAGgtgttgttta ... gctatggcagGTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
EST: gi|120494591|gb|EH222758.1|EH222758
EST:     ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAG                         GTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
genomic: ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAGgtgttgttta ... gctatggcagGTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
EST: gi|120534422|gb|EH262555.1|EH262555
EST:     ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAG                         GTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC
genomic: ATGAGGGTATTTATGGCCCCTGGACCATTGACGACTCCGATGTTCGAGAGgtgttgttta ... gctatggcagGTAATTTTGTACAGATCAGGATTGGTAACAGCTGCTGCATCATTTGTGGTC