1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
gtgagtgctgtgcttataccttctcaaactattttcaatgtgtgatcttatctggatgaacactgacttttcgtgttgttcatttgcagCTAAATTAAACCCTTTAGCATATATTGGAGTTGACTTTGATGCCATTAATAGGAGGGAAAAGAGGATGGAGAAGCCCACCACGACAACGGTAACGTCAAC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G39180.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTGGGCAGATACACTAAGCAGGGGGTTGGTTAATTTGAATATATCAGGAC CTAAATTAAACCCTTTAGCATATATTGGAGTTGACTTTGATGCCATTAATAEST: gi|51344023|gb|CO984756.1|CO984756
genomic: TTGGGCAGATACACTAAGCAGGGGGTTGGTTAATTTGAATATATCAGGACgtgagtgctg ... tcatttgcagCTAAATTAAACCCTTTAGCATATATTGGAGTTGACTTTGATGCCATTAATA
EST: TTGGGCAGATACACTAAGCAGGGGGTTGGTTAATTTGAATATATCAGGAC CTAAATTAAACCCTTTAGCACATATTGGAGTTGACTTTGATGCCATTAATAEST: gi|9564554|gb|BE474063.1|BE474063
genomic: TTGGGCAGATACACTAAGCAGGGGGTTGGTTAATTTGAATATATCAGGACgtgagtgctg ... tcatttgcagCTAAATTAAACCCTTTAGCATATATTGGAGTTGACTTTGATGCCATTAATA
EST: TTGGGCAGATACACTAAGCAGGGGGTTGGTTAATTTGAATATATCAGGAC CTAAATTAAACCCTTTAGCATATATTGGAGTTGACTTTGATGCCATTAATA
genomic: TTGGGCAGATACACTAAGCAGGGGGTTGGTTAATTTGAATATATCAGGACgtgagtgctg ... tcatttgcagCTAAATTAAACCCTTTAGCATATATTGGAGTTGACTTTGATGCCATTAATA
tcaatgtgtgatcttatctggatgaacactgacttttcgtgttgttcatttgcagCTAAATTAAACCCTTTAGCATATATTGGAGTTGACTTTGATGCCATTAATAGGAGGGAAAAGAGGATGGAGAAGCCCACCACGACAACGGTAACGTCAAC
cactgac putative branch site (score: 2)
ttcattt putative PPT
atcttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtgagtgctgtgcttataccttctcaaactattttcaatgtgtgatcttatctggatgaacactgacttttcgtgttgttcatttgcagCTAAATTAAACCCTTTAGCATATATTGGAGTTGACTTTGATGCCATTAATAGGAGGGAAAAGAGGATGGAGAAGCCCACCACGACAACGGTAACGTCAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC