1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...ttatcatgaaaacacggggattaatgtaatgttgttggcttgttgctgtgtgacgcacctctttcattctaattcggtcctttatacaatgttctctcagAGGTAGCAGTGCTAAAGCTGAAGACCATTCACTGGAAGGAAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G39180.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTTAGAGATCGTGATCATAATTTTAATGATGATGGTCAGCATTCATCTCG AGGTAGCAGTGCTAAAGCTGAAGACCATTCACTGGAAGGAAG
genomic: TTTAGAGATCGTGATCATAATTTTAATGATGATGGTCAGCATTCATCTCGgtatgtgcct ... gttctctcagAGGTAGCAGTGCTAAAGCTGAAGACCATTCACTGGAAGGAAG
ctgtgtgacgcacctctttcattctaattcggtcctttatacaatgttctctcagAGGTAGCAGTGCTAAAGCTGAAGACCATTCACTGGAAGGAAG
ttctaat putative branch site (score: 2)
tgttctctc putative PPT
tttatacaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttatcatgaaaacacggggattaatgtaatgttgttggcttgttgctgtgtgacgcacctctttcattctaattcggtcctttatacaatgttctctcagAGGTAGCAGTGCTAAAGCTGAAGACCATTCACTGGAAGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAA
- - catgaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - tgttggc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgtgac