1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...ctaagcaaacttaacttttattatttatgtgtttgtggtgcatgtatttccttgtgatgtgttgacagtgttgtgattaaggtatgtttatcttgactagGTTGTCAGAGACAAGCGGACTGGTAAAACAAAAGGTTATGGATTTGTGAGCTTTGCCAATCCTTCTGACCTTGCTGCTGCTCTTAAAGAAATGAATG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G36570.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGTTCTCTCAAAAGCATTTTCACGATTTCCTTCCTTTAACATGGCACGA GTTGTCAGAGACAAGCGGACTGGTAAAACAAAAGGTTATGGATTTGTGAGCEST: gi|193601564|gb|FK549455.1|FK549455
genomic: ATGTTCTCTCAAAAGCATTTTCACGGTTTCCTTCCTTTAACTTGGCACGAgtaagtggat ... tcttgactagGTTGTCAGAGACAAGCGGACTGGTAAAACAAAAGGTTATGGATTTGTGAGC
EST: ATGTTCTCTCAAAAGCATTTTCACGATTTCCTTCCTTTAACATGGCACGA GTTGTCAGAGACAAGCGGACTGGTAAAACAAAAGGTTATGGATTTGTGAGCEST: gi|31462737|gb|CD404765.1|CD404765
genomic: ATGTTCTCTCAAAAGCATTTTCACGGTTTCCTTCCTTTAACTTGGCACGAgtaagtggat ... tcttgactagGTTGTCAGAGACAAGCGGACTGGTAAAACAAAAGGTTATGGATTTGTGAGC
EST: ATGTTCTCTCAAAAGCATTTTCACGGTTTCCTTCCTTTAACTTGGCACGA GTTGTCAGAGACAAGCGGACTGGTTATACCAAAGGTTATGGATTTGTGAGC
genomic: ATGTTCTCTCAAAAGCATTTTCACGGTTTCCTTCCTTTAACTTGGCACGAgtaagtggat ... tcttgactagGTTGTCAGAGACAAGCGGACTGGTAAAACAAAAGGTTATGGATTTGTGAGC
atttccttgtgatgtgttgacagtgttgtgattaaggtatgtttatcttgactagGTTGTCAGAGACAAGCGGACTGGTAAAACAAAAGGTTATGGATTTGTGAGCTTTGCCAATCCTTCTGACCTTGCTGCTGCTCTTAAAGAAATGAATG
tgttgac putative branch site (score: 3)
tttatctt putative PPT
tatgtttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctaagcaaacttaacttttattatttatgtgtttgtggtgcatgtatttccttgtgatgtgttgacagtgttgtgattaaggtatgtttatcttgactagGTTGTCAGAGACAAGCGGACTGGTAAAACAAAAGGTTATGGATTTGTGAGCTTTGCCAATCCTTCTGACCTTGCTGCTGCTCTTAAAGAAATGAATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
ctaagca
- - - - - - - - - - - - -tatgtgt
- - - - - - - - - - - - - - - - -tgtggtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttgac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgttgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggtatgt